SIGLO XVII: Isaac Newton

Presentación del tema: "SIGLO XVII: Isaac Newton"— Transcripción de la presentación:

1 SIGLO XVII: Isaac Newton
MECÁNICA CLÁSICA SIGLO XVII: Isaac Newton MECÁNICA CUÁNTICA SIGLO XX Aplicación de la Mecánica Cuántica a los problemas de la química QUÍMICA CUÁNTICA QUÍMICO-FÍSICOS propiedades termodinámicas (entropía, capacidad calorífica de los gases) interpretar espectros moleculares determinación de propiedades moleculares (longitudes y ángulos de enlace, momentos dipolares, barreras de rotación interna, diferencias de energía entre isómeros conformacionales) calcular propiedades de los estados de transición de las reacciones químicas estudiar sólidos

2 QUÍMICOS ORGÁNICOS estimar estabilidades relativas de las moléculas calcular propiedades de los intermedios de reacción estudiar mecanismos de las reacciones químicas analizar espectros de RMN QUÍMICOS ANALÍTICOS espectroscopía QUÍMICOS INORGÁNICOS propiedades de los compuestos de coordinación de metales de transición BIOQUÍMICOS conformaciones de las moléculas biológicas interacción enzima-sustrato solvatación de moléculas biológicas

3 QUÍMICA COMPUTACIONAL
TEÓRICA MODELADO MOLECULAR QUÍMICA CUÁNTICA QUÍMICA COMPUTACIONAL QUÍMICA TEÓRICA: es la disciplina que estudia todos los métodos teóricos que pueden aplicarse a la química. QUÍMICA CUÁNTICA: es la disciplina que estudia la aplicación de la Mecánica Cuántica al estudio de las moléculas. QUÍMICA COMPUTACIONAL: es la disciplina que estudia el uso de métodos numéricos aplicados a la química. MODELADO MOLECULAR: es la disciplina que estudia la construcción de modelos de la estructura y el comportamiento molecular.

4 MODELO: MODELADO MOLECULAR OBJETIVO:
Conjunto de objetos y reglas predeterminadas que los relacionan, utilizado como descripción simplificada de un fenómeno real cuya complejidad desafía la descripción exacta. Alternativamente, puede constituir una descripción precisa de las propiedades que interesan del sistema real en estudio, mientras que contiene una descripción promediada, simplificada, o simplemente inexistente de las otras propiedades que constituyen su complejidad. Ejemplos: Modelo de puntos de Lewis Modelo de reacciones: SN2, SEAr MODELADO MOLECULAR OBJETIVO: LEYES FÍSICAS TÉCNICAS NUMÉRICAS SISTEMA QUÍMICO EXPLICAR PREDECIR MODELOS Caracterizar y predecir la estructura y estabilidad de los sistemas químicos estimar diferencias energéticas entre diferentes estados explicar caminos de reacción, mecanismos, procesos químicos generales a nivel atómico y molecular.

5 PROGRAMAS DE COMPUTACIÓN
¿CÓMO HACER MODELADO MOLECULAR? PROGRAMAS DE COMPUTACIÓN Cálculo de energías moleculares y propiedades asociadas a ellas cálculo de la estructura tridimensional de las moléculas visualización de las moléculas y de sus propiedades análisis cuantitativo de los resultados del modelo

6 Propiedades moleculares dependientes de la conformación
MÉTODOS DE CÁLCULO Empíricos Semiempíricos ab initio Funcionales de la densidad Propiedades moleculares dependientes de la conformación Energías Propiedades MÉTODOS DE MANIPULACIÓN DE LA GEOMETRÍA MOLECULAR Minimización Dinámica Molecular Monte Carlo Perturbación Diferentes conformaciones del sistema ANÁLISIS Parámetros geométricos Superposición/comparación Mapeo de superficie o contorno Trayectorias MÉTODOS GRÁFICOS Interpretación visual de las conformaciones y las propiedades moleculares

7 CONSTRUCCIÓN DE MODELOS MOLECULARES
Colección de datos organizados Geometría de una molécula Estructura de datos ORGANIZACIÓN JERÁRQUICA: átomos enlaces ángulos diedros monómeros subunidades DATOS: descripción de la composición química descripción de la geometría descripción del patrón de enlace Computacionalmente rayos x, RMN COMPOSICIÓN QUÍMICA: C, H, O, etc. Hibridación (MM) Tipo de átomo PATRÓN DE ENLACE: conectividad GEOMETRÍA: se especifica en forma de coordenadas para todos los átomos CONVERSIÓN 2D --> 3D vía una interfase gráfica Coordenadas cartesianas Matriz Z

8 CONVERSIÓN 2D --> 3D: Hyperchem
“Model builder” COORDENADAS: CARTESIANAS x,y,z para cada átomo INTERNAS Matriz Z distancias ángulos diedros COORDENADAS CARTESIANAS: C O H H Ventajas: permite reconocer simetría Desventajas: son redundantes

9 COORDENADAS INTERNAS: MATRIZ Z
dij: distancia de enlace, es simplemente la distancia entre los átomos enlazados i y j. qijk: ángulo de enlace, es el ángulo formado entre los enlaces ij y jk. El ángulo de enlace es siempre positivo y menor de 180º, es decir, es el menor de los dos ángulos posibles. fjkl: ángulo de torsión (también denominado ángulo diedro) entre los cuatro átomos i-j-k-l se define como el ángulo entre los dos planos, uno conteniendo a los átomos i, j y k y el otro conteniendo a los átomos j, k y l ÁNGULO DE TORSIÓN: o ángulo diedro entre cuatro átomos se define como el ángulo entre los dos planos, uno conteniendo a los átomos 1, 2 y 3 y el otro conteniendo a los átomos 2, 3 y 4.

10 COORDENADAS INTERNAS: MATRIZ Z
H3 C O H4 C O H CONSTANTES Y VARIABLES: O líneas de Matriz Z C2 O1 r1 H3 C2 r2 O1 t1 H4 C2 r3 O1 t2 H3 f1 línea en blanco F líneas de constantes r líneas de variables r r t t

11 CONDUCE A RESULTADOS INCORRECTOS
CONDICIONES DE SIMETRÍA: O1 C2 O1 r1 H3 C2 r2 O1 t1 H4 C2 r2 O1 t1 H r r t O1 O2 O1 r1 H3 O2 r2 O1 t1 H4 O1 r2 O2 t1 H r r t O1 O2 O1 r1 H3 O2 r2 O1 t1 H4 O1 r2 O2 t1 H3 f1 r r t f CONDUCE A RESULTADOS INCORRECTOS

12 ÁTOMOS DUMMY: Ángulo de enlace = 180.0 Ángulo diedro indefinido ÁTOMO DUMMY O1 C2 O1 r1 XX3 C O C4 C2 r2 XX O H5 C4 r3 C t1 XX H6 C4 r3 C t1 XX r r r t

13 X2 X1 X C1 X1 r1 X H11 C1 r2 X1 t1 X H12 C1 r2 X1 t1 X C2 X1 r1 X C H21 C2 r2 X1 t1 X H22 C2 r2 X1 t1 X C3 X1 r1 X C H31 C3 r2 X1 t1 X H32 C3 r2 X1 t1 X r r t

14 OPERANDO SOBRE LA GEOMETRÍA MOLECULAR
Dibujar moléculas en 2D CREACIÓN Y EDICIÓN Coordenadas cartesianas Archivos PDB Matriz Z MODEL BUILDING Model Builder Aproximación a estructuras 3D CÁLCULOS Optimización de geometría Single Point Dinámica Molecular Métodos Simulación del cambio de la conformación molecular con el tiempo y la temperatura Energía total de una configuración Una configuración estable Resultados INFORMACIÓN OBTENIDA geométrica energética HOMO LUMO potenciales electrostáticos densidad de carga densidad de espín momento dipolar