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Edición y diseño de estructuras biológicas para la investigación. Un entorno de Software libre para Bio y Químico-Informáticos. Carlos del Castillo Ortiz.

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Presentación del tema: "Edición y diseño de estructuras biológicas para la investigación. Un entorno de Software libre para Bio y Químico-Informáticos. Carlos del Castillo Ortiz."— Transcripción de la presentación:

1 Edición y diseño de estructuras biológicas para la investigación. Un entorno de Software libre para Bio y Químico-Informáticos. Carlos del Castillo Ortiz Félix Saavedra Rodríguez

2 Introducción 2 Proyecto basado en Java, de código abierto. Plataforma visual informática para químicos y biólogos, basada en Eclipse Rich Client Platform (RCP). Plugin que hereda la arquitectura y la funcionalidad básica de las interfaces visuales Eclipse, así como el sistema de ayuda, actualización de software, preferencias, una plataforma de despegue, etc. Bioclipse está desarrollado con la colaboración de varios estamentos: Proteochemometric Group, departamento de bio-ciencia farmacéutica Universidad de Uppsala (Suecia) Grupo de Investigación en Informática Molecular de la Universidad de Colonia, por el Centro de Bio-informática (CUBIC).

3 Introducción Desarrollado especialmente para el estudio de cadenas de proteínas, moléculas, etc. Se puede encontrar una larga lista de composiciones químicas pre- dibujadas más sencillas. Bioclipse se conecta por Internet a varias bases de datos para actualizar y descargarse nuevos modelos. Existe una extensa librería que permite modificar las estructuras e interactuar con ellas en dos y tres dimensiones. 3

4 Versiones estables Bioclipse (1 Febrero 2007) CDK (bc_cdk) Jmol (cb_jmol) Biojava (bc_biojava) Bioclipse (21 Junio 2007) Actualización plugins y scripts RSS Feeds Uso de BBDD relacionales Mejora Interface de Usuario … Bioclipse 2.0 Beta (versión estable para primeros meses de 2008) 4

5 Antes de Nada 1) 1) Prerrequisitos Java 5.0 El único requisito es tener Java 5.0 (o superior) instalado. Puedes descargarlo desde: Sun y seleccionar "Java Runtime Environment (JRE) 5.0". 2) 2) Descargar Bioclipse Descarga la última versión de Bioclipse, desde: 5

6 Primeros pasos 3) 3) Instalación Bioclipse se distribuye como un archivo ZIP. Se extrae el archivo en cualquier parte del disco duro local. Se creara el directorio Bioclipse". En este directorio, se encuentra el archivo ejecutable de Bioclipse en formato.jar. 6

7 Uso de Bioclipse 7

8 La consola de Bioclipse muestra mensajes destinados al usuario. La ventana de propiedades muestra las características actuales de un recurso. (modificables) En el navegador de fuentes se encuentra la carpeta base o raíz. Si queremos cambiar la carpeta raíz, hacemos clic con el botón derecho y seleccionamos "Set Root folder" y tendremos un nuevo directorio base. Puedes cambiar el tamaño y mover los puntos de vista para que Bioclipse tenga el aspecto que quieras. El diseño quedara guardado para sesiones posteriores. 8

9 Características Importación y exportación en diversos formatos de archivo. Edición visual de estructuras moleculares en 2D. Visualización 3D de moléculas y proteínas. Edición y visualización de secuencias y características (ADN, ARN, proteínas etc.) Graficacion y edición de diversos tipos de espectros, ej. NMR, MS. Recuperación de los recursos (secuencias, proteínas, etc.), con datos de carácter público (en repositorios). 9

10 Características PDB- editor con resaltado de sintaxis para trabajar con archivos PDB. CMLRSS-visor para la descarga de productos o contenidos químicos publicados en la web mediante RSS-feeds. Chemtree para mostrar una vista jerárquica de subestructuras moleculares y macromoleculares. Visualizacion de propiedades quimicas. Poderoso lenguaje basado en Mozilla Rhino para la automatización de tareas. Conexión con programas externos, e. j. PyMol. 10

11 Características Se ejecuta en su computadora local, pero también da la posibilidad de comunicarse con servidores para la recuperación de datos y servicios de cómputo. La potente arquitectura se basa en Eclipse[2]. Destacamos tres principales aplicaciones, que son la edición de representaciones de moléculas bidimensionales, la visualización y programación de estructuras en 3D y la edición de secuencias de aminoácidos 11

12 Instalación de Datos de ejemplo 1.Nos colocamos en el navegador donde deseamos crear el directorio con el ejemplo de muestra. 2.En el menú, seleccionamos "Operations -> install sample data". 3.Confirmamos, y el directorio será creado en el titulo "Sample data", que contiene varios recursos para realizar pruebas. 12

13 USO PRACTICO 13

14 BIOCLIPSE EN COMUNIDAD Código Abierto -> Comunidad DESARROLLO Scripts Plugins Moléculas y Secuencias Funciones Interfaces Tutoriales Motores Testing BIOCLIPSE v.2.0HERRAMIENTAS Repositorios Blogs RSS feeds Foros Chats 14

15 Bibliografía Menú Help/Help Contents. Canal IRC #bioclipse 15

16 RUEGOS O PREGUNTAS GRACIAS POR SU ATENCIÓN 16


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