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La iniciativa internacional del GBIF y La criptogamia en España: retos y oportunidades Thank you. In my lecture, I will talk about what herbaria are from.

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1 La iniciativa internacional del GBIF y La criptogamia en España: retos y oportunidades
Thank you. In my lecture, I will talk about what herbaria are from the information point of view: their strong points as well as their drawbacks and how Information tecnologies may contribute to solve these shortcomings. I will also comment upon the demand that policy makers and the society at large have for biodiversity informations and how this demand may be conveyed in opportunities for the improvement and advancement of the collections. In the last part of my talk I will review the activities of the “Iberia and Macaronesian Herbarium Association”. I will extend on thos activities that are situating this group of herbaria in a very good position to take advantage of the opportunities that are opening for them Francisco Pando GBIF.ES, Unidad de Coordinación F. Pando Fund. Areces, 2004

2 Sumario Que es GBIF ¿por qué GBIF? Programa de GBIF
Implementación de GBIF en España Participación y resultados Criptogamia en España y GBIF Los portales de datos de GBIF Oportunidades de financiación Retos Reflexiones finales

3 Iniciativa GBIF Global Biodiversity Information Facility
Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad Es una iniciativa internacional, a 10 años vista, para hacer accesible por Internet toda la información disponible sobre los organismos vivos conocidos a nivel mundial (se ha hablado de GBIF como el “proyecto genoma humano” de la biodiversidad) A instancias de la OCDE (1996, MegaScience Forum) Los miembros ordinarios de GBIF son estados Los estados miembros se comprometen a establecer un nodo nacional de GBIF que –entre otras cosas-- será portal de esta información, además contribuyen económicamente a la inciativa

4 Cronología de GBIF Junio de 1999: el Consejo de Ministros de la OCDE acuerda crear GBIF Marzo del 2001: GBIF nace oficialmente 2002: La Secretaría Mundial del GBIF se instala en Copenague 2003: Primer plan de trabajo anual de GBIF y primeras convocatorias de proyectos y contratos

5 ¿Por qué GBIF? "Saber que sabemos" resulta complicado --cuando no imposible-- porque: La información se generar y almacena de modo disperso en proyectos, colecciones y centros, de manera que no hay un punto donde podamos obtener toda la información que existe sobre una especie --o conjunto de especies-- para un ámbito determinado (geográfico, de hábitat, temporal,…). Proporcionar acceso unificado a todos esos recursos existentes, accesibles pero dispersos es objetivo de GBIF. Las estilización propia de los trabajos científicos --derivada de las limitaciones impuestas por la publicación en papel-- hace que sólo se publique los resultados, omitiendo toda la información generada y recopilada para llegar a los mismos. Esto obliga a los botánicos a repetir los mismos trabajos una y otra vez, con toda la ineficiencia que conlleva. Esto no es algo nuevo como ya lo dijo HEYWOOD (1974). Contribuir y promocionar que todos esos datos científicos sean accesible y reutilizables también es objetivo de GBIF.

6 Iniciativa GBIF Programas temáticos Contenido Informática
Informatización de las colecciones de Historia Natural Catálogo electrónico de nombres científicos “Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes, …) Biblioteca Virtual de la Biodiversidad Informática Tecnología e interoperabilidad de bases de datos (estándares, infraestructura informática) Formación y cooperación Nuevos miembros Convenios Internacionales Formación

7 Contenidos y relaciones
Iniciativa GBIF Contenidos y relaciones El catálogo electrónico de nombres de organismos conocidos para la ciencia posibilitará el enlace entre muchos tipos de bases de datos biológicas y no biológicas

8 GBIF en España Resolución del MCYT Impleméntación Real Jardín Botánico
Consejo Superior de Investigaciones Científicas Museo Nacional de Ciencias Naturales Nodo Nacional de GBIF Unidad de Coordinación

9 GBIF en España De la voluntad política a la realidad
Febrero 2001 España firma el MoU Abril 2001 Plan de actuación Julio 2002 Resolución del MCYT Otoño 2002 Sesiones informativas Spain foiunder member (interin steering comm Bided for the secretariat Trabajos iniciales Invierno 2002 GBIF.ES UC, arranca Julio 2003

10 GBIF en España Propuesta de implementación
Estructura en red (U. coordinación + centros y proyectos) Unidad de Coordinación dentro de un centro Sin presupuesto para financiar proyectos ANEP C vs net -> 1) sociologicalñ resons, 2) technical resons 3) (country situation) situation Independ or not- 1) budget and efficiency considerations 2) misintry of enviroment – MCYT relationships 3) speed of implementation (this arised another point of conflict (which centre would be the GBIF.ES host Funding ->size, management of resoucres (ANEP) however co-ordination

11 GBIF en España GBIF.ES = UC +CAR
El sistema de información del nodo español del GBIF está formado por una Unidad de Coordinación (UC) y por una federación de bases de datos integrada por los Centros Asociados a la Red (CAR) Acceso unificado Información distribuída Los proveedores de datos retienen el control sobre los mismos

12 GBIF en España Unidad de Coordinación
Misión: apoyar a las colecciones, centros y proyectos relevantes sobre biodiversidad para que participen en GBIF Esta misión se plasma en las siguientes tareas: Proporcionar soporte técnico (información, formación, estándares, software y asesoramiento) Asegurar la coherencia entre las iniciativas nacionales y la arquitectura informática de GBIF, para garantizar la interoperabilidad Investigar como maximizar el valor de los datos, al desarrollar herramientas de análisis, validación y visualización de los mismos Recopilar y difundir información relevante para las colecciones y para el conocimiento y gestión de la información sobre biodiversidad

13 GBIF en España Actividades
Base de datos de centros y proyectos (http://www.gbif.es/InformeColecciones.php) Apoyo y seguimiento a proyectos y centros participantes Software de informatización y gestión de colecciones y proyectos Informatización de datos Otras herramientas informáticas Portal de comunicación Portal de datos y servicio de alojamiento de datos Talleres de bioinformática Difusión y fomento de la participación Participación a nivel internacional (con TDWG, con el Secretariado de GBIF, con otros Nodos)

14 GBIF en España http://www.gbif.es/Participantes.php
Participación: centros y proyectos 37 centros 83 bases de datos registros

15 Que hay de criptogamia Algas y Fitoplancton
CeDoc de Biodiversitat Vegetal: BCN-Phycophyta Institut d'Ecologia Litoral: IEL_Algae Institut d'Ecologia Litoral: IEL_Phyto Real Jardín Botánico Madrid: MA-Algae SANT herbarium algae collection Universidad de Málaga: MGC-Algae Hongos y Líquenes Universidad Complutense, Dpto. de Biolog. Veg. II, Fac. Farmacia, , Madrid: MAF-Lich Universidad de Córdoba. Dpto. de Botánica, Ecología y Fisiología Vegetal: Fungi-COFC Flora Mycologica Iberica Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Fungi Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Funhist Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Lichen Musgos y Hepáticas Universidad de Murcia, Dpto. Biología Vegetal (Botánica): MUB-HEPATICAE Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Musci Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Hepat Los datos consultables son importantes (más de registros en total) pero aún tan solo una fracción de lo que existe y debería ser accesible.

16 Que más hay Un aspecto interesante de GBIF y que muestra su dimensión colaborativa es que no solo permite consultar los datos provenientes de España, en este caso, si no también los concerniente a su territorio que están en bases de datos de fuera del país.

17 Un ejemplo: hongos de la Península Ibérica
46 bases de datos 16 países registros con coordenadas

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19 Ejemplo del nuevo portal de GBIF
demo de data.gbif.org

20 Oportunidades de financiación
En el Nodo Nacional de GBIF la participación de todas las instituciones depositarias de colecciones, y proyectos con información en biodiversidad es fundamental. La información que contiene cada colección –grande o pequeña- es única. Al participar en GBIF, los centros y colecciones contribuirán con sus datos a la visión de la biodiversidad que, a todas las escalas, proporcionará la red de GBIF; obteniendo y obtendrán además apoyo técnico, visibilidad y reconocimiento. Para que esta participación tenga un efecto real, los centros y proyectos implicados pueden financiar la informatizando de sus datos y su publicación en internet -entre otras maneras - mediante las “Acciones Complementarias" específicas de GBIF del Plan Nacional I+D+I

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22 Retos Criptogamia para todos los públicos
Comunicar datos, no solo resultados Nuevas técnicas requiere formación

23 Retos Los datos hechos públicos exigen mayor rigor en su presentación y una documentación meticulosa ya que datos serán usados en contextos muy diferentes del original.

24 Ejemplo: el helecho macho
Fl. iberica Dryopteris filix-mas Dryopteris affinis ssp. affinis ssp. borreri ssp. stilluppensis Dryopteris oreades Dryopteris submontana Dryopteris pallida ssp. pallida spp. balearica Dryopteris carthusana Dryopteris expansa Dryopteris dilatata Fl. Països Catalans Dryopteris austriaca ssp. assimilis ssp. dilatata ssp. spinulosa Dryopteris filix-mas ssp. borreri ssp. filix-mas ssp. oreades Dryopteris villarii ssp. submontana ssp. balearica

25 Conocimiento explícito e implícito
nombre quien cuando

26 Donde estamos Establecer el significado de una identificación es en el mejor de los casos un ejercicio de exegesis basado en conocimiento implícito y asunciones Esto es un tremendo obstáculo para que la colección sea útil a un mayor número de usuarios y por tanto para su importancia

27 Explicitar el conocimiento…
Quien hace la identificación Cuando Tipo de identificación (fiabilidad) Calificadores de la identificación (precisión) Exactitud ( sistema de referencia  taxonomia)

28 Tipo de identificación
From: Australian National Fish Collection (in use since 1993) Level 1: Highly reliable identification Specimen identified by (a) an internationally recognised authority of the group, or (b) a specialist that is presently studying or has reviewed the group in the Australian region. Level 2: Identification made with high degree of confidence at all levels Specimen identified by a trained identifier who had prior knowledge of the group in the Australian region or used available literature to identify the specimen. Level 3: Identification made with high confidence to genus but less so to species Specimen identified by (a) a trained identifier who was confident of its generic placement but did not substantiate their species identification using the literature, or (b) a trained identifier who used the literature but still could not make a positive identification to species, or (c) an untrained identifier who used most of the available literature to make the identification. Level 4: Identification made with limited confidence Specimen identified by (a) a trained identifier who was confident of its family placement but unsure of generic or species identifications (no literature used apart from illustrations), or (b) an untrained identifier who had/used limited literature to make the identification. Level 5: Identification superficial Specimen identified by (a) a trained identifier who is uncertain of the family placement of the species (cataloguing identification only), (b) an untrained identifier using, at best, figures in a guide, or (c) where the status & expertise of the identifier is unknown. Fiabilidad

29 Tipo de identificación
From: Chapman (2005) Principles of Data Quality. GBIF Suggestion: identified by World expert in the taxa with high certainty identified by World expert in the taxa with reasonable certainty identified by World expert in the taxa with some doubts identified by regional expert in the taxa with high certainty identified by regional expert in the taxa with reasonable certainty identified by regional expert in the taxa with some doubts identified by non-expert in the taxa with high certainty identified by non-expert in the taxa with reasonable certainty identified by non-expert in the taxa with some doubt identified by the collector with high certainty identified by the collector with reasonable certainty identified by the collector with some doubt. Fiabilidad

30 Calificadores de la identificación
afín comparar grupo sección sensu lato species multae serie sensu stricto pro parte duda Precisión *basado en ITF2, un estándar del TDWG (www.tdwg.org)

31 Exactitud (ref. a taxonomía)

32 Retos La publicación de datos debe ser promocionada. Las iniciativas a favor del "Scientific Data Open Access", que distintas instituciones (Comisión Europea, Convenio de la biodiversidad, GBIF) apoyan, pero además ésta debe ser considerada como un mérito científico (para que los investigadores hagan de esta actividad parte de su rutina de trabajo. las publicaciones científicas deben hacer constar el uso en las mismas (citar) de los datos obtenidos por Internet, como se hace en la actualidad con las publicaciones impresas.

33 Retos Formación. La puesta de datos en Internet es el colofón de una serie de procesos donde los datos se compilan, depuran, almacenan y mantiene. El aprendizaje de las técnicas que estas tareas conllevan debe ser parte de la formación del investigador.

34 20 talleres en 3 años Gestion de datos, modelado de la biodiversidad, calidad de datos, georeferenciación, gestión de colecciones, etc.

35 A modo de conclusion La criptogamia ya no es lo que era:
La información que producimos es (debe ser) consumida por un público más amplio Los datos (y no solo los resultados) son valiosos y deben ser “publicados” De la fragmentación a la integración: primero las citas, después las especies

36 GBIF en España Participación: CENTROS Y PROYECTOS PARTICIPANTES
ALICANTE Institut d'Ecologia Litoral Calle Jacinto Benavente, 21 03560 El Campello (Alicante) Universitat d'Alacant, Colecciones CEUA y ABH. Centro Iberoamericano de la Biodiversidad (CIBIO) 03080 Alicante ALMERÍA  Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC) General Segura 1 04001 Almería Universidad de Almería, Herbario HUAL Dpto. de Biología Vegetal y Ecología Edificio CI.TE. II-B Carretera de Sacramento s/n 04120 La Cañada de San Urbano (Almería) ASTURIAS Universidad de Oviedo, Herbario FCO Dpto. de Biología de Organismos y Sistemas Catedrático Rodrigo Uría s/n 33006 Oviedo Jardín Botánico Atlántico, Herbario JBAG Avenida del Jardín Botánico, S/N 33394 Gijón BADAJOZ Junta de Extremadura, Herbario HSS Dirección General de Investigación, Desarrollo Tecnológico e Innovación Avda. de Portugal s/n 06800 Mérida (Badajoz) Universidad de Extremadura, Herbario UNEX Dpto. Botánica y Producción de los Vegetales (Botánica) Avda. Elvas s/n 06071 Badajoz BARCELONA Institut Botànic de Barcelona, Herbario BC CSIC - Ayuntamiento de Barcelona Avinguda dels Muntanyans s/n Parc de Montjüíc 08038 Barcelona Museu de Ciències Naturals de la Ciutadella (Ayuntamiento de Barcelona) Parc de la Ciutadella s/n 08003 Barcelona Universitat de Barcelona, Herbario BCN CeDoc de Biodiversitat Vegetal (CeDocBIV) Baldiri Reixac 4-6 Torre D 08028 Barcelona Universitat de Barcelona y Generalitat de Catalunya, Banco de Datos de Biodiversidad de Cataluña CÓRDOBA Jardín Botánico de Córdoba, Herbario COA Avda. de Linneo s/n 14004 Córdoba Universidad de Córdoba, Herbario COFC Dpto. de Biología Vegetal, Facultad de Ciencias 14071 Córdoba GERONA Universitat de Girona, Herbario HGI Dpto. de Ciènces Ambientals, Facultat de Ciències Campus de Montilivi 17071 Gerona GRANADA Universidad de Granada, Herbario GDA-GDAC Rector López Argüeta, 8 Colegio Mayor Isabel la Católica 18071 Granada ISLAS BALEARES Fundació Jardí Botànic de Sóller Carretera de Palma-Puerto de Sóller, km 30.5 Apartado de Correos 44 07100 Sóller (Islas Baleares) LA CORUÑA Universidade de Santiago de Compostela, Herbario SANT Laboratorio de Botánica, Facultad de Farmacia Plaza del Obradoiro s/n 15782 Santiago de Compostela Universidade de Santiago de Compostela Dpto. Biología Animal, Fac. Biología LAS PALMAS  Universidad de las Palmas de Gran Canaria, Herbario BCM Departamento de Biología, Facultad de Ciencias del Mar Campus Universitario de Tafira 35017 Las Palmas de Gran Canaria Universidad de Las Palmas de Gran Canaria Centro de Algología Aplicada Muelle de Taliarte s/n 35214 Telde (Gran Canaria) LEÓN Universidad de León, Herbario LEB Dpto. Biología Vegetal, Fac. Biología Campus de Vegazana 28071 León Universidad de León MADRID Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC) José Gutiérrez Abascal 2 28006 Madrid Real Jardín Botánico (CSIC), Herbarios MA y MA-Crypto Plaza de Murillo 2 28014 Madrid Universidad Autónoma de Madrid Dpto. Biología - Facultad de Ciencias Ctra. Colmenar Viejo Km. 15 28049 Madrid Universidad Complutense de Madrid Dpto. de Biología Vegetal II, Fac. de Farmacia Plaza de Ramón y Cajal s/n 28040 Madrid Universidad Politécnica de Madrid, Bco. germoplasma Departamento de Biología Vegetal, E.T.S.I. Agrónomos Ciudad Universitaria s/n Universidad Politécnica de Madrid, Herbario EMMA Dpto. de Silvopascicultura (Botánica). E.T.S.I. Montes MÁLAGA Universidad de Málaga, Herbario MGC Dpto. Biología Vegetal, Fac. Ciencias Campus de Teatinos 29071 Málaga MURCIA Universidad de Murcia, Herbario MUB Campus Universitario de Espinardo 30100 Murcia Universidad de Murcia Dpto. Zoología y Antropología Física, Fac. Veterinaria 30100 Murcia NAVARRA Museo de Zoología de la Universidad de Navarra Dpto. de Zoología y Ecología Calle Irunlarrea, 1 31080 Pamplona SALAMANCA Universidad de Salamanca, Herbario SALA Dpto. de Biología Vegetal (Botánica), Facultad de Farmacia Avenida Licenciado Méndez Nieto s/n 37007 Salamanca GUIPÚZCOA Aranzadi Zientzi Elkartea - Sociedad de Ciencias Aranzadi Herbario ARAN Alto de Zorroaga 11 20014 San Sebastián SANTA CRUZ DE TENERIFE Universidad de la Laguna, Herbario TFC BRY Departamento de Biología Vegetal - Facultad de Biología Avenida Astrofísico Francisco Sánchez, s/n Campus de Anchieta 38071 La Laguna (Santa Cruz de Tenerife) SEVILLA Universidad de Sevilla, Herbario SEV Dpto. Biología Vegetal y Ecología, Fac. de Biología Avda. Reina Mercedes nº 6 41012 Sevilla Estación Biológica de Doñana (CSIC) Avenida de María Luisa s/n Pabellón del Perú 41013 Sevilla VALENCIA  Colección Española de Cultivos Tipo (CECT) Edificio de Investigación. Campus de Burjasot 46100 Burjassot (Valencia) Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva, Univ. De Valencia Polígono La Coma s/n 46980 Paterna (Valencia) Jardí Botànic de València, Herbario VAL Univ. de Valencia Quart 80 46008 Valencia Museu Valencià d'Història Natural Paseo de la Pechina, 15 VIZCAYA Euskal Herriko Unibertsitatea - Universidad del País Vasco Herbario BIO Dpto. de Biología Vegetal y Ecología, Laboratorio de Botánica Apdo. 644 48080 Bilbao ZARAGOZA Instituto Pirenaico de Ecología (CSIC), Herbario JACA Avd. Montañana 177 50080 Zaragoza UNIDAD DE COORDINACIÓN Francisco Pando Responsable Alberto G. Talaván Coordinador de proyectos Silvia Lusa Especialista informática Isabel Ortega Soporte a usuarios y documentación GBIF-ES es el Nodo Nacional de Información sobre Biodiversidad patrocinado por el Ministerio Español de Educación y Ciencia, gestionado por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas W W W . G B I F . ES

37 GBIF en España Unidad de Coordinación Francisco Pando Responsable
Alberto G. Talaván Coordinador de proyectos Silvia Lusa Administradora del sistema informático y red de datos Isabel Ortega Soporte a usuarios y documentación Ibon Tamayo Desarrollos informáticos GBIF-ES es el Nodo Nacional de Información sobre Biodiversidad patrocinado por el Ministerio Español de Educación y Ciencia, gestionado por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas W W W . G B I F . ES


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