Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Ingeniería Informática Facultad de Informática.

Presentación del tema: "Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Ingeniería Informática Facultad de Informática."— Transcripción de la presentación:

1 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Ingeniería Informática Facultad de Informática ULPGC

2 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes ¿Qué pretendemos? Un Recorridos por dos caminos: De la Biología a la Informática De la Informática a la Biología (Curso para Informáticos)

3 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Módulos Módulo I: De la Biología a la Informática Modelos Computacionales Bioinspirados. Computación Natural Módulo II: De la Informática a la Biología Técnicas y Métodos Computacionales Aplicados a la Biología. Introducción a los modelos computacionales en Genómica

4 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Módulo I Computación Natural Guía del Autoestopista de la Computación Natural Mario Hernández

5 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes El Universo de Aproximaciones a la Optimización Global que integra las técnicas computacionales inspiradas, en general, en la naturaleza y en particular, en lavida CN Imitación a la Vida O como para resolver problemas científico-tecnológicos hacemos uso de las experiencias acumuladas en el gran laboratorio de la naturaleza, chupando rueda de ella. Computación Natural (CN)

6 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes CN Vida Artificial (ALife) Geometría Fractal (GF) Inteligencia Computacional (IC) Ciencia de los Sistemas Complejos (CC) Optimización basada en la naturaleza Computación Natural (CN)

7 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Módulo I: Computación Natural. Programa (15 h.) Lecturas: I.1- Vida Artificial (2 h.) I.2- Sistemas Complejos (3 h.) I.3- Inteligencia Computacional (2 h.) I.4- Computación Evolutiva I: Algoritmos Genéticos (3 h.) I.5- Computación Evolutiva II: Programación Genética (2 h.) I.6- Computación Evolutiva III: Programación Evolutiva y Estrategias Evolutivas (1 h.) I.7- Computación Evolutiva IV: Sistemas Clasificadores y programación Memética (1 h.) I.8- Sistemas Inmunes Artificiales (1 h.)

8 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Módulo II Introducción a los modelos computacionales en Genómica Juan Méndez Rodríguez

9 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Genómica Desarrollo de tecnologías y procedimiento informáticos para el almacenamiento y procesamiento de la información biológica estructural y funcional. Desarrollo de aplicaciones de biología computacional para la predicción in silico de funciones de genes, de la estructura, función e interacciones de las proteínas. (Plan Nacional de Biotecnología)

10 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Módulo II: Modelos Computacionales en Genómica. Programa (15 h.) Lecturas: II.1- Introducción al sistema de información biológico (1h) II.2- Organización básica de los materiales genómicos (1h) II.3- Operaciones básicas de la información genómica (2h) II.4- Bases de datos primarias (2h) II.5- Alineamiento de secuencias (5h) II.6- Árboles filogenéticos (2h) II.7- Niveles de organización de las proteínas (1h) II.8- Microarray y expresión genética (1h)

11 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes NOTA: El material contenido de este curso solo puede utilizarse para fines docentes en el ámbito interno de la Universidad de Las Palmas de Gran Canaria.

12 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Bibliografía TÍTULO Los Objetos Fractales AUTORES Benoit Mandelbrot EDITORIALMetatemas Tusquets AÑO1993 TÍTULOIntroduction to Protein Structure AUTORESC. Branden J. Tooze EDITORIALGarland Pub. AÑO1998 TÍTULODeveloping Bioinformatics Computer Skills AUTORESC. Gibas P. Jambeck EDITORIALO'Reilly AÑO2001 TÍTULOEvolutionary Computation AUTORESD. B. Fogel EDITORIALIEEE Press AÑO1995 TÍTULOGenetic Algorithms in Search, Optimization and Machine Learning AUTORESD. E. Goldberg EDITORIALAddison-Wesley Pub. Co. Inc AÑO1989 TÍTULOAn Introduction to Natural Computation AUTORESD. H. Ballard EDITORIALThe MIT Press AÑO1997

13 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Bibliografía (II) TÍTULO Swarm Intelligence. From Natural to Artificial Systems AUTORESE. Bonabeau, M. Dorigo, G. Theraulaz EDITORIALOxford University Press AÑO1999 TÍTULOLa Estructura de lo Complejo AUTORESGregoire Nicolis, Ilia Prigogine EDITORIALAlianza Universidad AÑO1999 TÍTULOHeurísticas en Optimización AUTORESJ. M. Moreno Vega, J. A. Moreno Pérez EDITORIALConsejería de Educación, Cultura y Deportes-Gobierno de Canarias AÑO1999 TÍTULOBegining Perl for Bioinformatics AUTORESJ. Tisdall EDITORIALO'Reilly AÑO2001 TÍTULOGenetic Programming AUTORESJohn R. Koza EDITORIALThe MIT Press AÑO1992 TÍTULOPrograming Perl AUTORESL. Wall T. Christiansen R.L. Schwartz EDITORIALO'Reilly AÑO1996

14 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Bibliografía (III) TÍTULO"Artificial Inmune Systems: Part I: Basic Theory and Applications AUTORESLeandro Nunes de Castro, Fernando José Von Zuben EDITORIALTechnical Report TR TR-DCA 01/99, Univ. de Campinas, Brasil AÑO1999 TÍTULOArtificial Inmune Systems: Part I: Basic Theory and Applications AUTORESLeandro Nunes de Castro, Fernando José Von Zuben EDITORIALTechnical Report TR TR-DCA 02/00, Univ. de Campinas, Brasil AÑO2000 TÍTULOAn Introduction to Genetic Algorithms AUTORESM. Mitchell EDITORIALThe MIT Press AÑO1999 TÍTULOOn Evolution, Search, Optimization, Genetic Algorithms and Martial Arts: Towards Memetic Algorithms AUTORESP. Moscato EDITORIALCaltech Concurrent Computation Program, C3P Report 826 AÑO1989 TÍTULOBiological Sequence Analysis AUTORESR. Durbin EDITORIALCamdbridge Univ. Press AÑO1998 TÍTULOntroduction to Bioinformathics AUTOREST.K. Attwood, D.J. Parry-Smith EDITORIALPrentice-Hall AÑO1999

15 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes Prácticas Módulo I - I.P1: Modelado y Análisis de Sistemas Complejos - I.P2: Uso de Autómatas Celulares - I.P3: Optimización utilizando Algoritmos Genéticos Módulo II: - II.P1: Introducción práctica a Perl - II.P2: Introducción a la bases de datos genómicas - II.P3: Lectura de formato FASTA - II.P4: Lectura de entrada SwissProt - II.P5: Acceso remoto a SwissProt

16 Bioinformática-Presentación Bioinformática-Presentación Instituto Universitario de Sistemas Inteligentes FIN