Búsquedas bibliográficas en bases de datos

Presentación del tema: "Búsquedas bibliográficas en bases de datos"— Transcripción de la presentación:

1 Búsquedas bibliográficas en bases de datos
Tema 1 Búsquedas bibliográficas en bases de datos Javier Burguillo Universidad de Salamanca

2 Etapas de una búsqueda bibliográfica
Elegir las bases de datos adecuadas Desglosar la pregunta de investigación en palabras clave Combinar las palabras clave correctamente (AND, OR, NOT) y tomar precauciones para no perder palabras claves equivalentes (ej. array, microarray, biochip) Usar filtros adecuados para encontrar un número de citas más ajustado (Human, All child (0-18 years), Clinical Trials, etc)

3 Bases de datos bibliográficas
Generalistas Especializadas

4 Bases de datos generalistas
Entidad (Empresa) Base de datos Acceso a través de: NCBI (National Center Biotechnology) Medline (PubMed) Cumulative Index to Nursing and Allied Helath Literature CINAHL WEB OF SCIENCE FECYT Current Contents Bibliotecas de la Universidad de Salamanca IPA (International Pharmaceutical Abstratcs (Ovid))   SCOPUS SCINCE DIRECT (ELSEVIER) EMBASE (Medline rev.) OVID

5 Bases de datos especializadas en Medicina Basada en la Evidencia (1/2)
Portal Base datos Acceso a través de: Cochrane (español) (Centro Cochrane Iberoamericano) Cochrane plus Cochrane (Inglés) (Cochrane collaboration) Cochrane library EvidenceMatters (Pago) EvidenceMatters Wolters Kluver (Pago) Wolterskluwerhealth

6 Bases de datos de Medicina Basada en la Evidencia (2/2)
Portal Base datos Acceso a través de: Clinical Evidence in BMJ Clinical Evidence Centre for Reviews and Dissemination CRD Centre for evidence based medicine CEBM NHS Evidence (UK) NHS Evidence Critical Appraisal Skills Programme Español CASPE Trip Database Trip

7 Elegir las bases de datos adecuadas

8 ¿Qué es Medline? Es la base de datos electrónica de citas bibliográficas de la U.S. National Library of Medicine. Fue creada en 1971 a partir de varios índices médicos ya existentes en papel (Index Medicus (1879), Index to Dental Literature, etc.). Indexa citas desde 1966 hasta la fecha, con un total de aproximadamente 23 millones de referencias hasta Agosto 2013. En la actualidad captura citas al año de más de 4800 revistas en 30 idiomas. Contiene principalmente trabajos de investigación en Medicina, Farmacia, Biología, Salud Pública, etc.

9 ¿Cómo es Medline? Cada registro de Medline es la cita bibliográfica de un artículo científico publicado en una revista. El proceso de indexación de los artículos se hace en base a una tabla que recoge en diferentes “campos” (columnas de la tabla) las características de los artículos: campos PMID Autores Título Revista Año Volumen páginas MESH Smith F “Study on re..” Int. J. Biochem 2006 25 Epistaxis ------ ----- ---- registros

10 ¿Cómo se accede a Medline?
Hay varios sitios e interfaces de acceso PubMed Incluye: Old Medline ( ) PreMedline (indexados inicialmente) Medline (1966- fecha) Publisher Supported (Artículos en prensa) Buscador excelente Muchas referencias con texto completo Para cada referencia muestra “referencias relacionadas” Guarda búsquedas en MyNCBI (Gratuito) Medline (WoS) Medline (OVID) (Suscrito por USAL) Incluye: Old Medline ( ) PreMedline (indexados inicialmente) Medline (1966- fecha) Buscador bueno Old Medline ( ) PreMedline (indesados inicialmente) Medline (1966- fecha)

11 Página de inicio de PubMed
Ejecuta búsqueda Caja para escribir los términos en “Búsqueda básica” Abre la pantalla de “Búsqueda avanzada” Ayudas Búsquedas por MESH, ensayos clínicos…… Búsquedas específicas: por autor, por clínica..

12 Búsqueda basica en PubMed
Filters Demasiadas

13 Búsqueda básica en PubMed (escribiendo palabras en la caja de búsqueda)
Nota previa: PubMed no distingue entre mayúsculas y minúsculas Por términos o palabras claves leukemia imatinib microarrays Pubmed hace un “mapeo” interno optimizando la búsqueda: ("leukaemia"[All Fields] OR "leukemia"[MeSH Terms] OR "leukemia"[All Fields]) AND ("imatinib"[Substance Name] OR "imatinib"[All Fields]) AND microarrays[All Fields] (este “mapeo” interno se puede ver en pestaña “ Search Details”) Por nombre del autor Bardsley WG Sin signos de puntación (no vale Bardsley, W.G.) Vale con una inicial o sólo apellido: Bardsley W o Bardsley Si apellido es palabra reservada MESH: Gene[Author] Por revista J Biol Chem Journal of Biological Chemistry

14 Búsquedas en PubMed (algunas estrategias generales)
Uso de “comillas” Fuerza la búsqueda de la frase entera como está escrita: “Philadelphia chromosome” Conviene usar “guiones” cuando la palabra se escriba así: Marine-aquaculture Uso de truncamientos mediante signo * : Bacter* (cogería: bacteria, bacterias, bacterium, bacteriophage, etc.) (importante para capturar singulares y plurales pero puede ser peligroso y encontrar citas excesivas)

15 Ejemplo de búsqueda básica
Una búsqueda básica del fármaco DASATINIB arroja 1291 citas. Son excesivas y se impone delimitar la búsqueda usando algún filtro. Filters

16 Uso de filtros para acotar una búsqueda en PubMed

17 Tipos de listado de referencias (“display settings”)

18 Listado en formato “Abstract”

19 Presentación en formato “Abstract” de 1 referencia seleccionada
Related citations

20 Opciones de “guardar como” (“send to”)
Salva un archivo que importaremos al gestor RefWorks

21 Búsquedas en PubMed (combinación de palabras claves)
Uso de operadores booleanos AND OR NOT (atovaquone AND proguanil) OR (Malarone) AND (malaria) AND (prophylaxis OR prevention) El uso de paréntesis es muy recomendable: (los operadores se suelen escribir con mayúsculas )

22 Búsqueda avanzada en PubMed

23 Resultados búsqueda avanzada anterior

24 Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”)

25 Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”)

26 Búsquedas específicas en PubMed
Buscar citas concretas (Single citation matcher) Buscar por términos médicos MESH (MESH base) Buscar por aspectos clínicos (Clinical queries) Buscar ensayos clínicos en curso (Clinical trials)

27 Búsqueda de citas concretas (Single citation matcher)

28 Resultado del “Single citation matcher” anterior

29 Búsqueda por términos médicos MeSH (1/4)
nosebleed epistaxis Por términos MESH (búsqueda por conceptos médicos estandarizados y jerarquizados)

30 Búsqueda por términos MESH (2/4)
Se escribe término deseado: Por ej. nosebleed

31 Búsqueda por términos MESH (3/4)
Aparecerá esta pantalla: Se marca algún subheading (e.g. mortality) Pulsar en Add search builder Pulsar en Search PubMed

32 Búsquedas por términos MESH (4/4)
Aparecerá el listado de referencias

33 Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 1/2
consultas Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 1/2

34 Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 2/2

35 Búsqueda por ensayos clínicos en curso (“Clinical trials”) 1/4

36 Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 2/4
Resultados búsqueda imatinib

37 Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 3/4

38 Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 4/4
Imatinib AND Salamanca

39 Como guardar búsquedas de PubMed en “MyNCBI” usando el botón “save search”

40 Darse de alta en “MyNCBI”

41 Etapas para guardar en MyNCBI
Darse de alta Guardar búsquedas con nombres Configurar actualizaciones y alertas

42 Botón “Save search”

43 Botón “Save search”

44 Botón “Save search” (y alertas)
Todo esto se guarda en MyNCBI Veremos a continuación como guardarlo en un gestor de citas bibliográficas

45 El “guardar” desde PubMed es “send to”

46 Gestores de citas bibliográficas (Programa RefWorks)

47 Gestores de citas bibliográficas (Programa RefWorks)
Darse de alta dentro WIFI USAL (gratis) Crear carpetas Importar citas

48 Incorporando citas a un documento (MS Word y RefWorks a la vez: Write-N-Cite)

49 Incorporando citas a un documento (Documento definitivo (guardar con otro nombre)

50 Haciendo la bibliografía de forma automática con RefWorks
AbleBits (2008) Add-in tools for excel. WWW document. URL: ASTERIAS (2008) Applications for the analysis of genomic data. WWW document. URL: Bardsley, W.G. (2009) SIMFIT statistical package. university of manchester (U.K.). WWW document. URL: Bax, L., Yu, L.M., Ikeda, N. & Moons, K.G. (2007) A systematic comparison of software dedicated to meta-analysis of causal studies. BMC Medical Research Methodology, 7, 40. Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995) Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing. J. R. Statis. Soc. B. 57, Breitling, R. & Herzyk, P. (2005) Rank-based methods as a non-parametric alternative of the T-statistic for the analysis of biological microarray data. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 3, Breitling, R., Armengaud, P., Amtmann, A. & Herzyk, P. (2004) Rank products: A simple, yet powerful, new method to detect differentially regulated genes in replicated microarray experiments. FEBS Letters, 573,

51 Estrategia global para manejar citas bibliográficas

52 Estrategia para manejar bibliografía
PubMed (Medline) Imatinib AND microarray* MyNCBI Búsqueda_Imatinib( ) RefWorks Citas_Imatinib Word + RefWorks Imatinib_trabajo.doc

53 Sitios web de interés en Farmacia

54 SITIOS WEB DE INTERES EN FARMACIA
Europa Medicines Agency Agencia Española del Medicamento Española del Medicamento/ U.S. Food and Drug Administration Ministerio de sanidad y consumo Consejería de Sanidad Castilla y León Organización Mundial de la Salud (OMS) Vademecum Portalfarma Correo farmacéutico Bandolier (Evidence Based Med.)

55 Gracias por la atención