R Octubre-Noviembre 2008. Previo Instalar R 2.7.2 Instalar Bioconductor Instalar “UsingR” Instalar “lattice” y “mlmRev” Instalar “limma” y “affy” ….

Presentación del tema: "R Octubre-Noviembre 2008. Previo Instalar R 2.7.2 Instalar Bioconductor Instalar “UsingR” Instalar “lattice” y “mlmRev” Instalar “limma” y “affy” …."— Transcripción de la presentación:

1 R Octubre-Noviembre 2008

2 Previo Instalar R 2.7.2 Instalar Bioconductor Instalar “UsingR” Instalar “lattice” y “mlmRev” Instalar “limma” y “affy” ….

3 1era clase Intro basica sobre que es R – Como abrir, cerrar, hacer operaciones basicas – Workspace? Estructuras de control basicas Como obtener ayuda Leer un archivo o de un directorio Como definir una funcion (simple) Como instalar paquetes

4 2nda --- chapter 2: univariate data Ver apply, sapply, … Ver “list” Funciones basicas para estadistica Graficas basicas – http://www.harding.edu/fmccown/R/

5 3ra Ver un poco mas de estadistica (datos bivariados y multivariados) Paquete Lattice graphics – http://dsarkar.fhcrc.org/lattice-lab/

6 4ta Un par de pruebas de estadistica: chi, F, kolmogorov-smirnoff, wilcoxon Paquete Limma

7 5ta De lleno sobre bioconductor Hacer el ejercicio de GOs? Microarreglos – http://bioinfo.ucr.edu/~tgirke/HTML_Presentations /Manuals/Microarray/arrayBasics.pdf

8 6ta Clustering – http://bioinfo.ucr.edu/~tgirke/HTML_Presentations /Manuals/Clustering/clustering.pdf http://bioinfo.ucr.edu/~tgirke/HTML_Presentations /Manuals/Clustering/clustering.pdf Paquete de DBI para R? – http://www.bioconductor.org/packages/release/bio c/html/AnnotationDbi.html

9 http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/R_Bi oCond/R_BioCondManual.html#Rprimer http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/R_Bi oCond/R_BioCondManual.html#Rprimer – Tiene varios ejercicios ^^