Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Qué es una proteína? H R O.

Presentación del tema: "Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Qué es una proteína? H R O."— Transcripción de la presentación:

1 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Qué es una proteína? H R O | | | H-N-C-C-OH | | | H H H N = H R O H R O | | | | | | H-N-C-C-N-C-C-… | | | | | H H H

2 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Qué es una proteína? Representaciones tradicionales 7TAA PDB

3 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Axioma: No existen dos seres vivos idénticos -Consecuencia: La estructura molecular de los seres vivos es distinta entre individuos. -Como demostrarlo? Modelo de estudio: Estructura de proteínas (~83,000 estructuras, 2,800 plegamientos)

4 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Observación: No existen 2 proteínas que realicen la misma función en un organismo, si éstas no son idénticas. -Mapeo de los aminoácidos críticos para la función de las proteínas a partir de la estructura 3D. -Evaluación de distintas formas de construcción de redes a partir de la estructura 3D de las proteínas de gráficas y diversas medidas de centralidad Closeness centrality (BMC Bioinformatics 2005, 6:213) y Betweeness (trabajo en preparación)

5 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Closeness Centrality: todo en uno.

6 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Betweeness: todos pero en partes.

7 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Betweeness: Confórmeros funcionales

8 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Predicción de la estructura de proteínas Red AA críticos

9 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Predicción de la estructura de proteínas (NIM)NIM -Correlacionar los residuos conservados con los centrales observados en modelos -CASP6: Los modelos generados estuvieron a 2.0 A de la estructura experimental ASDFRGWENMVCLKPY A F M Y

10 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Predicción de la estructura de las proteínas: UniGraph -Conjetura: Las redes derivadas de la estructura de las proteínas poseen conjuntos únicos de aa centrales. - Aproximaciones: NIM, UniGraph.

11 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

12 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

13 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

14 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

15 Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas UniGraph - Evaluación en CASP7 (Mayo-Agosto 2006) - Generación de grafos tipo estructura 3D de proteínas -Planteamiento de ecuaciones diferenciales para la combinatoria de plegamientos observados.