Changes in pol II elongation rate (kinetic coupling) Changes in the template chromatin structure that limit or facilitate elongation Modulation of pol.

Presentación del tema: "Changes in pol II elongation rate (kinetic coupling) Changes in the template chromatin structure that limit or facilitate elongation Modulation of pol."— Transcripción de la presentación:

1 changes in pol II elongation rate (kinetic coupling) Changes in the template chromatin structure that limit or facilitate elongation Modulation of pol II intrinsic activity (e.g. CTD phosphorylation, association to elongation factors)

2 changes in pol II elongation rate (kinetic coupling) Changes in the template chromatin structure that limit or facilitate elongation Modulation of pol II intrinsic activity (e.g. CTD phosphorylation, association to elongation factors)

3 Cromatina y splicing alternativo

4 Efecto de la replicación del plásmido reportero de splicing alternativo

5 Cereghini and Yaniv, EMBO J., 1984 Loose nucleosome assembly

6 Cereghini and Yaniv, EMBO J., 1984 replication Loose nucleosome assembly Compact nucleosome assembly

7 SV40 origin of replication EDI promoter SV40 T-Antigen Kadener et al., EMBO J. 2001

8 T-antigen - + + Hep3B cells + T-Ag Kadener et al., EMBO J. 2001 RT-PCR 0.3 7.6 0.8 Origin of replication + + -

9 REPLICATION (T ANTIGEN) Pol II

10 Código de histonas: epigenética

11 Figure 4-33a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

12 Figure 4-44b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

13

14 ¿Podemos crear marcas de silenciamiento de en el interior de un gen una manera específica y controlada?

15 Efectos no clásicos de los siRNAs

16 P P P P RISC P P siRNA guide strand passenger strand AGO 2 RISC P P CAP An mRNA An CAP mRNA degradation AGO 2 Clásico: Knockdown = Post-Transcriptional Gene Silencing (PTGS)

17 P P P P RITS? P P siRNA guide strand passenger strand AGO 1 RITS? P P Inhibition of transcription AGO 1 No clásico: efecto cromatínico =Transcriptional Gene Silencing (TGS) RITS? P P AGO 1 CH3 Silencing epigenetic mark H3K9me2 Silencing epigenetic mark H3K9me2

18 I32as siRNA I34as siRNA ???? Respuesta en el seminario paper de Alló et al. I33s I33as P P P P P P P P

19 Otros ejemplos de cambios de cromatina intragénicos que afectan al splicing alternativo a través de la elongación transcripcional

20 The chromatin remodeling factor SWI/SNF stimulates alternative exon inclusion by creating internal stops Mutchard lab: Batsché et al., Nat. Struct. Mol. Biol. 2006

21 -OAc Promoter region Intragenic region (exons 17 to 19) Neuronal excitation induces intragenic acetylation No changes at the promoter Exon 18 included -OAc Pol II Exon 18 excluded Pol II -OAc Pol II Schor et al. PNAS 2009 NCAM exon 18 alternative splicing

22 La relación entre cromatina y splicing es confirmada por estudios genómicos “high throughput” = “deep sequencing”

23 La cromatina localizada sobre los exones está enriquecidas en ciertas marcas de histonas

24 Ahringer lab: Kolasinska-Zwierz et al., Nat. Genet. 2009 Una marca específica e histona (H3K36me3), característica de elongación, está asociada preferencialmente a exones ¿El código de la cromatina determina el código del splicing?

25 Los nucleosomas están posicionados preferentemente sobre los exones

26 La longitud promedio de los exones es similar a la del segmento de DNA que envuelve a cada nucleosoma (~ 150 pb) Beckman and Trifonov, PNAS 1991

27

28 Manuel Muñoz Mariano Alló Ignacio Schor Manuel de la Mata Juan Pablo Fededa Ezequiel Petrillo Celina Lafaille Manuel Muñoz Mariano Alló Ignacio Schor Manuel de la Mata Juan Pablo Fededa Ezequiel Petrillo Celina Lafaille Laboratorio de Fisiología y Biología Molecular - IFIBYNE-CONICET Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Universidad de Buenos Aires - Argentina Nicolás Rascovan Soledad Pérez Santangelo Valeria Buggiano Nicolás Rascovan Soledad Pérez Santangelo Valeria Buggiano Paula Cramer Guadalupe Nogués Sebastián Kadener Demián Cazalla Paula Cramer Guadalupe Nogués Sebastián Kadener Demián Cazalla

29 Jueves 29 de octubre

30 Martes 3 de noviembre

31 Jueves 5 de noviembre