Predicción de la estructura secundaria de ARN mFold

Presentación del tema: "Predicción de la estructura secundaria de ARN mFold"— Transcripción de la presentación:

1 Predicción de la estructura secundaria de ARN mFold
Integrantes Jimena Collantes Lisette Delgado Nelly Mostajo Carla Ramirez Brian Lucero

2 Introducción Estructura secundaria

3 Estructura secundaria
plegamiento Interacciones débiles=enlaces de hidrógeno, van de waals, interacciones iónicas Tipos de estructuras secundarias loops Hélice alfa Hoja beta Giros beta Hélice de colágeno beta plegadas Cambios que no afectan la estructura

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7 Introducción mFold (multiple-fold) algoritmo: mínima energía de Gibbs
Predice: plegamiento, hibridación y temperatura melting

8 Introducción Programación dinámica Dot Plot
Energía libre de Gibbs – Scores

9 Alineamiento de secuencias

10 Segmentos complementarios
Segmentos repetidos Transposiciones Segmentos palindrómicos Eventos evolutivos

11 Introducción Energía libre de Gibbs Ley de la mínima energía potencial
Potencial dinámico= función de estado extensiva con unidades de energía, da la condición de equilibrio y de espontaneidad para una reacción química. para calcular si una reacción ocurre de forma espontánea tomando en cuenta solo las variables del sistema. Ley de la mínima energía potencial 2da ley termodinámica

12 Parametros de MFOLD

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14 Dar nombre… y copiar la secuencia en formato FASTA
Restringir la información

15 Tipo de secuencia Constantes Porcentaje suboptimo Límite del número de Foldings

16 Ventana y tamaño de loop
Asimetría y distancia máxima para el apareamiento de bases

17 Opciones de imagen Formato de imagen

18 Diseño del loop exterior
Base numerada

19 Diseño de la estructura
FOLD IT!

20 rRNA T. thermophilus Subunidad 5S – 120bp
>embl|V01415|V01415 Thermus thermophilus 5S ribosomal RNA, complete sequence aatcccccgtgcccatagcggcgtggaaccacccgttcccattccgaacacggaagtgaa acgcgccagcgccgatggtactggcggacgaccgctgggagagtaggtcggtgcggggga

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22 Dot plot

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24 Estructura 1 Estructura 6

25 Sin embargo… Yusupov et al, 2001
Crystal Structure of the Ribosome at 5.5 Å Resolution

26 Estructura 1 Estructura 6

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31 Estructura 1 Estructura 5

32 >120bp  natural angles

33 Estructura 1: natural angles
Estructura 1: default Los ∆G permanecen iguales

34 rRNA Plasmodium falciparum Subunidad 5S – 349bp
>embl|M19135|M19135 P.falciparum 5S rRNA gene, clone S8. aaaatgtatatgtattaagaatacaaaataattatgctaatataaaagaagaaaactcat taaatattttaatatagaatgttttatatatgattattcttaaataaatatgaatattaa attttagtgaagtaaatcttttgactcgttcatactacagtggccacaccagatcccatc agaactctgaagttaagcactgtaaggcttggctagtactgaggtgggagaccgctcggg aacaccaggtgatgagtcattttttttatataaaaaaaaatttttattattttatataat aaaaaaaataatatatgttattatagataattagtattttcattaattt

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38 Estructura 1 Estructura 8