ANÁLISIS DE SIMILARIDAD COMO HERRAMIENTA PARA EVALUAR LA UTILIDAD DE MICROSECUENCIAS DE GENES USADOS PARA FILOGENIA MOLECULAR EN EL GÉNERO Fusarium Henao.

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1 ANÁLISIS DE SIMILARIDAD COMO HERRAMIENTA PARA EVALUAR LA UTILIDAD DE MICROSECUENCIAS DE GENES USADOS PARA FILOGENIA MOLECULAR EN EL GÉNERO Fusarium Henao JD, Gómez AR, Rincón M, Filgueira J. Laboratorio de Biotecnología Vegetal. Universidad Militar Nueva Granada. Bogotá. Colombia.

2 Problemática del genero Fusarium
FUSARIOSIS Problemática

3 Problemas de calcificación
Molecular phylogeny of the higher and lower taxonomy of the Fusarium genus and differences in the volutionary histories of multiple genes Maiko Watanabe1*, Takahiro Yonezawa2, Ken-ichi Lee3, Susumu Kumagai3, Yoshiko Sugita-Konishi1, Keiichi Goto4 and Yukiko Hara-Kudo1 BMC Evolutionary Biology 2011, 11:322

4 Microsecuencias de DNA
Parcialmente Conservado Conservado No Conservado

5 Especies del genero Fusarium
Fusarium avenaceum (FA) Fusarium solani (FS) Fusarium culmorum (FC) Fusarium sporotrichioides (FSP) Fusarium subglutinans (FSG) Fusarium foetens (FF) Fusarium verticillioides (FV) Fusarium equiseti (FE) Fusarium graminearum (FG) Fusarium oxysporum (FO) Fusarium proliferatum (FP)

6 Primers usados para las secuencias
GEN PRIMERS SECUENCIA Histone 3 H3-1a (Glass y Donaldson, 1995) 5'ACTAAGCAGACCGCCCGCAGG3' H3-1b (Glass y Donaldson, 1995) 5'GCGGGCGAGCTGGATGTCCTT3' β Tubulin Bt1a (Glass y Donaldson, 1995) 5'TTCCCCCGTCTCCACTTCTTCATG3' Bt1b (Glass y Donaldson, 1995) 5'GACGAGATGGTTCATGTTGAACTC3' Bt2a (Glass y Donaldson, 1995) 5'GGTAACCAAATCGGTGCTGCTTTC3' Bt2b (Glass y Donaldson, 1995) 5'ACCCTCAGTGTAGTGACCCTTGGC3' COX AHyFuF (Barcode, Forward from F. oxysporum AY874423) 5'CTTAGTGGGCCA GGAGTTCAATA3' AHyFuR (Barcode, Forward from F. oxysporum AY874423) 5'ACCTCAGGGTGTCCGAAGAAT3' EF EF-1H (Kroon et al., 2004) 5' ATGGGTAAGGAAGACAAGAC3' EF-2T (Kroon et al., 2004) 5' GGAAGTACCAGTGATCATTGTT3' ITS ITS1 (White et al., 1990) 5'TCCGTAGGTGAACCTGCGG3' ITS4 (White et al., 1990) 5'TCCTCCGCTTATTGATATGC3' ITS FuR (White et al., 1990) 5'GCGACGATTACCAGTAACGA3' ITS FuF (White et al., 1990) 5'CAACTCCCAAACCCCTGTGA3' ITS-1 (White et al., 1990) ITS-2 (White et al., 1990) 5'GCTGCGTTCTTCATCGATGC3'

7 Mi = Tii + Tvi + Gi Tii = Índice de Transiciones (n)(OTUS)
Cálculos de variación de microsecuencias Mi = Tii + Tvi + Gi (n)(OTUS) Mi = Índice de mutaciones n = Número de nucleótidos en la secuencia Tii = Índice de Transiciones Tti = ∑ (Ti) (0.125) Tvi = Índice de Transversiones Tvi = ∑ (Tv) (0.25) Gi = Índice de Gaps Gi = ∑ (G) (0.5)

8 PRIMER ZONA Mi ITSFuF/FuR 43-198 0,02520396 199-371 0,0166185 372-590
Datos obtenidos PRIMER ZONA Mi ITSFuF/FuR 43-198 0, 0, 0, ITS12 81-211 0, 0, 0, ITS14 76-200 0, 0, 0, Bt1 0, 0, 0,

9 Datos obtenidos PRIMER ZONA Mi Bt2 0, 0, 0, COX 81-227 0, 0, 0, EFTU 42-240 0, 0, 0, H3 46-156 0, 0, 0,

10 Análisis de los arboles resultantes
Bt COX

11 Análisis de los arboles resultantes
ITS 1/ ITS FuF/FuR

12 Matrices de distancia ITS14 370-550 FA FC FE FF FG FO FP FSG FS FSP FV
0,084 0,028 0,009 0,047 0,019 0,168 0,121 0,065 0,000 0,056

13 Similaridad ITS14 ITS12 ITS H3 EFTU COX Bt2 Bt1 0,4927 -0,2903 -7,0044
-1,1291 -0,4172 16,1222 -4,1988 6,2844 -0,302 -0,1617 -0,0826 -0,743 -0,3543 -13,9721 -3,6555 -4,7873 -0,1403 -0,0822 -0,0647 -0,1236 -0,0883 -1,5406 -0,6811 -1,0101 -0,0674 -0,0244 -0,0189 -0,0375 -0,0511 -0,4819 -0,2465 -0,4506 0,021 -0,0004 -0,0005 -0,0009 -0,001 -0,1258 -0,0327 -0,0036 -0,0003 -0,0013 -0,0006 -0,0015 -0,0002 0,0003 0,0008 -0,0007 0,0006 -0,0001 0,0018 0,0007 0,0014 0,0012 0,5572 7,1704 2,0327 0,9107 8,7829

14 Microsecuencia A Microsecuencia B Resultado
Similaridad Microsecuencia A Microsecuencia B Resultado ITS ITS 0,0001 ITS 0,0022 H 0,0006 Bt Bt 0,0002 EFTU -0,0006 COX -0,0002 -0,0004 0,0044

15 Conclusiones Cuando no existe similaridad entre los arboles filogenéticos los valores de las comparaciones tiene a cero. Existen valores de importancia en el intervalo cero-uno (0,0001, 0,0022 y 0,0044) que están asociados a puntos de similaridad entre los arboles.