GBIF Governing Board 20 Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF II Portal 2013 y NPT Startup Daniel Amariles Líder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad.

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1 GBIF Governing Board 20 Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF II Portal 2013 y NPT Startup Daniel Amariles Líder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia Global Biodiversity Information Facility (GBIF) Sábado, 5 de Octubre, 2013

2 RESUMEN El desarrollo del nuevo portal de GBIF ofrece una API completa para la consulta de datos publicados en la red. Esta es una introducción al nuevo sistema, para aquellos que consideran construir aplicaciones web que usen la nueva API. Esta presentación corresponde al módulo 6B del curso de entrenamiento para Nodos en el GB20, realizado en Octubre de 2013 en Berlín, Alemania. Aquí también se presentará una introducción al desarrollo del NPT Startup y sus características principales.

3 ÍNDICE 1. Introducción al NPT Startup 2. Introducción al Portal de Datos 2013 3. El API del Portal de Datos 4. Del Portal al API 5. El API de mapas 6. Usando los datos del API de mapas 7. Ejercicio práctico

4 INTRODUCCIÓN AL NPT STARTUP “NPT Startup es un sitio Drupal que establece una presencia en la web para nodos participantes de GBIF..”

5 Sitio demo http://nptstartup.gbif.org/ http://nptstartup.gbif.org/ https://github.com/gbif/gbif -npt-startup/releases Repositorio en GitHub http://vimeo.com/63640790 Vídeo de presentation INTRODUCCIÓN AL NPT STARTUP

6 CARACTERISTÍCAS DEL NPT STARTUP Información sobre biodiversidad proveniente del Portal de Datos de GBIF y de Encyclopedia of Life.

7 CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP Carácteristicas comunes en los sitios web como noticias, foros y blogs. Así que el sitio puede ser usado por un Nodo Participante de GBIF como sitio de comunicación.

8 CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP Incluye una lista de chequeo taxonómica inicial para el país, generado por la unión nombres científicos que se extraen de los datos de registros biológicos de especies dentro del país disponibles en la red de GBIF. Los datos sobre biodiversidad de una especie son mostrados como mapas estáticos de distribución de especies.

9 CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP Más información disponible acerca de una especie incluyendo descripción y multimedia proveniente de Encyclopedia of Life (EOL).

10 CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP A nivel de país, El NPT Startup muestra algunas cifras sobre la actividad de publicación de datos.

11 CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP Muestra artículos científicos e informes usando datos de los medios de GBIF, publicados por autores del país y/o acerca de biodiversidad del país.

12 ÍNDICE 1. Introducción al NPT Startup 2. Introducción al Portal de Datos 2013 3. El API del Portal de Datos 4. Del Portal al API 5. El API de mapas 6. Usando los datos del API de mapas 7. Ejercicio práctico

13 INTRODUCCIÓN AL PORTAL DE DATOS 2013

14 SECCIONES PRINCIPALES

15 BÚSQUEDA DE ESPECIES Resultados de la búsqueda Filtros - Taxonomía base - Taxones principales - Rango - Estado - Habitat - Tipo de nombre

16 VISTA DE LA ESPECIE Información general Contenido externo Cifras básicas Information taxonómica Distribución de registros

17 ÍNDICE 1. Introducción al NPT Startup 2. Introducción al Portal de Datos 2013 3. El API del Portal de Datos 4. Del Portal al API 5. El API de mapas 6. Usando los datos del API de mapas 7. Ejercicio práctico

18 API DEL PORTAL DE DATOS Una interfaz para acceder a los datos publicados en la red de GBIF usando servicios Web.

19 API DEL PORTAL DE DATOS API del Registro del Portal : http://portaldev.gbif.org/developer/registry API de todos los servicios web de GBIF: http://dev.gbif.org/wiki/display/POR/Webservice +API “Todos los servicios reciven parámetros como una cadena de consulta codificada como parámetros GET clave=valor y responden con un contenido tipo json ”

20 API DISPONIBLE Checklist Bank Services: Name usage Checklist Bank Services: GBIF Backbone Taxon Lookup Checklist Bank Services: Search Service Checklist Bank Services: Metrics Registry Services: Node Registry Services: Organization Registry Services: Network Registry Services: Technical Installation Registry Services: Dataset Registry Services: Dataset Search Service Occurrence Services: Occurrence Record Occurrence Services: Search Service Occurrence Services: Download Service Cube Metrics Services: Occurrence Service Crawler Services: Dataset Crawl Service

21 Names API http://api.gbif.org/lookup/name_usage/?name=oenanthe&kingdom=plants Dataset API http://api.gbif.org/dataset/52a423d2-0486-4e77-bcee-6350d708d6ff Organization API http://api.gbif.org/organization/10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862 Names Usage API http://api.gbif.org/name_usage/1 Occurrence search API http://api.gbif.org/occurrence/search?TAXON_KEY=6746 EJEMPLOS DE LLAMADOS AL API

22 ÍNDICE 1. Introducción al NPT Startup 2. Introducción al Portal de Datos 2013 3. El API del Portal de Datos 4. Del Portal al API 5. El API de mapas 6. Usando los datos del API de mapas 7. Ejercicio práctico

23 CONSULTANDO UNA ORGANIZACIÓN Obtener el UUID de la organización 10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862

24 URL Base API + URL término + UUID Organización CONSULTANDO UNA ORGANIZACIÓN http://api.gbif.org/organization/10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862 10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862 Construye la URL de llamado al API: Usa el cliente REST para EXPLORAR EL CÓDIGO

25 USANDO LOS DATOS DEL API Ejemplo: http://data.sibcolombia.net/publicadores/provider/3

26 ÍNDICE 1. Introducción al NPT Startup 2. Introducción al Portal de Datos 2013 3. El API del Portal de Datos 4. Del Portal al API 5. El API de mapas 6. Usando los datos del API de mapas 7. Ejercicio práctico

27 API DE MAPAS v1.0 “¿Busca sobreponer contenido de GBIF en su mapa? Pruebe con este servicio flexible y fácil de usar para la renderización de capas” http://uat.gbif.org/developer/maps

28 Este servicio está diseñado para ser usado con los clientes de mapas más comunes tales como el API de Google Maps o con Leaflet JS. Estas bibliotecas permiten visualizar las capas de GBIF con otro contenido, tales como los que vienen de proveedores de Servicios Web de Mapas (WMS). Cabe anotar que el API de Mapas no es un WMS ni tampoco soporta funcionalidades WFS. http://leafletjs.com/ MAPPING API v1.0

29 PERSONALIZANDO EL CONTENIDO DE LA CAPA El formato de la URL es el siguiente: Con los siguientes parámetros obligatorios: type: TAXON, DATASET, COUNTRY o PUBLISHER key: La clave apropiada según el type seleccionado (clave de taxón, UUID del conjunto/publicador o código ISO de país de 2 letras) http://api.gbif.org/map/density/tile?x={x}&y={y}&z={z}

30 PERSONALIZANDO EL CONTENIDO DE LA CAPA Basis of record – Fossil – Living specimen Year Range – Observations year range – Specimens’ year range – Other year ranges El parámetro layer es un campo opcional y multievaluado en el cual son declaradas las capas para ser combinadas por en el servidor en el mosaico. &layer=OBS_2010_2020&layer=SP_2010_2020&layer=OTH _2010_2020&layer=LIVING&layer=FOSSIL Ejemplo:

31 DANDOLE ESTILO A LA CAPA “Para dar estilo a la capa configurada se puede hacer a través del parámetro colors o del párametro palette.” &colors=%2C100%2C%23FF000033%7C100%2C10000%2C %2300FF0033%7C10000%2C%2C%230000FF33 Usando el parámetro colors: &palette=greens Usando el parámetro palette:

32 ÍNDICE 1. Introducción al NPT Startup 2. Introducción al Portal de Datos 2013 3. El API del Portal de Datos 4. Del Portal al API 5. El API de mapas 6. Usando las capas del API de mapas 7. Ejercicio práctico

33 USANDO LOS DATOS DEL API Contruir una consulta al API de Mapas de GBIF Configura la capa en tu navegador de mapas

34 USANDO LOS DATOS DEL API Ejemplo: http://maps.sibcolombia.net/

35 ÍNDICE 1. Introducción al NPT Startup 2. Introducción al Portal de Datos 2013 3. El API del Portal de Datos 4. Del Portal al API 5. El API de mapas 6. Usando los datos del API de mapas 7. Ejercicio práctico

36 EJERCICIO PRÁCTICO: EXPERIMIENTANDO EL API DEL PORTAL 1. Explora los datos con un cliente REST 2. Intenta imaginar cómo le gustaría usar esos datos en su aplicación o portal. 3. Haz uno o más prototipos visuales acerca de cómo integrar esos datos 4. Tarea: Implementar un cliente JSON para obtener los datos

37 HERRAMIENTAS DE SERVICIOS WEB Clientes REST recomendados Advanced REST client Google Chrome extensions http://code.google.com/p/rest-client/ https://chrome.google.com/webstore/detail/advanced-rest-client/hgmloofddffdnphfgcellkdfbfbjeloo

38 PROTOTIPADO VISUAL Herramienta recomendada de prototipado visual https://cacoo.com/

39 GBIF Governing Board 20 Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF II Portal 2013 y NPT Startup Daniel Amariles Líder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia Global Biodiversity Information Facility (GBIF) Sábado, 5 de Octubre, 2013