Nació en Mayorga (León, España) en Estudió Derecho en las universidades de Coimbra y Salamanca. Fue propuesto por el rey Felipe II al Papa Gregorio XIII para el arzobispado de Lima como sucesor de fray Jerónimo de Loaysa.
Llegó a Paita en marzo de 1581 e hizo por tierra el fatigoso camino hasta su sede. Ingresó en Lima el12 de mayo de aquel año. Convocó y presidió el III Concilio Limense ( ), al cual asistieron prelados de toda Hispanoamérica.
Santo Toribio visitó innumerables poblados de su amplísimo territorio, uno de los más extensos y difíciles del mundo. Resumió sus itinerarios al escribir: “Mas de 5,200 leguas, muchas veces a pie, por caminos muy fragosos y ríos, rompiendo por todas las dificultades y careciendo algunas veces de cama y comida”.
Celebró hasta 13 sínodos. Fundó el Seminario de Lima (1590) y lo puso bajo la advocación de su patrono, Santo Toribio de Astorga.
Agobiado por los trabajos y la austeridad de sus penitencias, murió en Saña el 23 de marzo de 1606, Jueves Santo. Fue un infatigable misionero, gran organizador de la Iglesia sudamericana y denominado protector de los indígenas.
Beatificado por Inocencio XI en Canonizado por Benedicto XIII en En 1983 Juan Pablo II lo proclamó Patrono del Episcopado latinoamericano.