Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Qué es una proteína? H R O | | | H-N-C-C-OH | | | H H H N = H R O H R O | | | | | | H-N-C-C-N-C-C-… | | | | | H H H

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Qué es una proteína? Representaciones tradicionales 7TAA PDB

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Axioma: No existen dos seres vivos idénticos -Consecuencia: La estructura molecular de los seres vivos es distinta entre individuos. -Como demostrarlo? Modelo de estudio: Estructura de proteínas (~83,000 estructuras, 2,800 plegamientos)

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Observación: No existen 2 proteínas que realicen la misma función en un organismo, si éstas no son idénticas. -Mapeo de los aminoácidos críticos para la función de las proteínas a partir de la estructura 3D. -Evaluación de distintas formas de construcción de redes a partir de la estructura 3D de las proteínas de gráficas y diversas medidas de centralidad Closeness centrality (BMC Bioinformatics 2005, 6:213) y Betweeness (trabajo en preparación)

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Closeness Centrality: todo en uno.

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Betweeness: todos pero en partes.

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Betweeness: Confórmeros funcionales

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Predicción de la estructura de proteínas Red AA críticos

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Predicción de la estructura de proteínas (NIM)NIM -Correlacionar los residuos conservados con los centrales observados en modelos -CASP6: Los modelos generados estuvieron a 2.0 A de la estructura experimental ASDFRGWENMVCLKPY A F M Y

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Predicción de la estructura de las proteínas: UniGraph -Conjetura: Las redes derivadas de la estructura de las proteínas poseen conjuntos únicos de aa centrales. - Aproximaciones: NIM, UniGraph.

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

Programa: Ciencia Informática Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas UniGraph - Evaluación en CASP7 (Mayo-Agosto 2006) - Generación de grafos tipo estructura 3D de proteínas -Planteamiento de ecuaciones diferenciales para la combinatoria de plegamientos observados.