Clase # 10 (continuación) Simulación de Monte Carlo Prof. Ramón Garduño Juárez Modelado Molecular Diseño de Fármacos

Modelo de polímero continuo Cadena de cuentas conectadas por varillas rígidas o por resortes armónicos. Cadena de libre rotación Coeficiente de aceptación es muy pequeño Modelo de estado rotacional isomérico (RIS) –Cada unión se supone que adopta alguna de un número pequeño de estados rotacionales discretos, el cual generalmente corresponde al mínimo de energía. Un generador de matrices se usa para establecer cierta propiedades dependientes de la conformación. Una matriz de peso estadístico: trata con la influencia que una unión tiene sobre sus vecinos.

Modelo atómico Más cercano a la realidad Generación de la conformación inicial –Cadena Corta: fusión –Cadena Larga: camino azaroso

Monte Carlo “ Predispuesto ” Muestreo Preferencial –El bulto del disolvente –Moléculas dentro de cierta distancia de corte se mueven más frecuentemente que otras Monte Carlo Fuerza-predispuesto –Predispone el movimiento de un átomo que debe moverse de acuerdo con la fuerza calculada Monte Carlo Inteligente –Vector azaroso mas un término relacionado con la fuerza Aumenta significativamente el coeficiente de aceptación, así posibilita movimientos largos o movimientos de múltiple- partícula

Cruce Prohibido Problema: quasi-ergodico. En la simulación de Monte Carlo a baja-T se permite que ocasionalmente brinque a regiones que son accesibles a corridas de alta-T. Implementación –Correr en tándem –Almacenar las conformaciones de las corridas de alta-T

Tarea Condiciones de límites periódicos en dos dimensiones. Celda unitaria (0, 0) a (10,10). Las coordenadas de los átomos son: 1: (2,2) 2: (8,8) 3: (8,2) Calcular las fuerzas en el átomo 1 usando el potencial electrostático. Usar 8 como distancia de corte (esto significa que, si dos átomos están mas lejos que 8 en distancia, no hay interacción entre ellos, luego no es necesario calcular las Fuerzas). Suponga que la Carga es +1 para cada átomo. 3.2 Simulaciones de Monte Carlo Si el sistema tiene tres estados, y hemos muestreado todos ellos y hemos encontrado que sus energías son 3k B T, 4k B T y 5k B T. ¿Cuál es la energía potencial promedio? (0,0) (10,0) (0,10)(10,10)