CAR

Sistemas de CAR en la UNISON Responsable : María del Carmen Heras Sánchez Asesores Técnicos : Aracely Dzul Campos Daniel Mendoza Camacho Yessica Vidal Quintanar

Practicas de Ejecución de Software

Uso Software en Mezquite Gaussian 09 Rev. B.01 NwChem 6.1 Matlab R2010b

Script Gaussian 09 - Mezquite #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -l walltime=4:00:00 #PBS -N g09-test #PBS -q rack1 #PBS -k eo SCRATCH_DIR=/scratch/${USER}/${PBS_JOBID} mkdir -p $SCRATCH_DIR export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCH_DIR cd $PBS_O_WORKDIR export GAUSS_LFLAGS="-v v -nodelist \"$(uniq $PBS_NODEFILE | xargs)\"" export g09root=/usr/local source /usr/local/g09/bsd/g09.profile g09 test941.log rm -rf $SCRATCH_DIR

NWChem Mezquite Asegurarse de tener el archivo.nwchemrc en HOME nwchem_basis_library /home/nwchem-6.1/data/libraries/ nwchem_nwpw_library /home/nwchem-6.1/data/libraryps/ ffield amber amber_1 /home/nwchem-6.1/data/amber_s/ amber_2 /home/nwchem-6.1/data/amber_q/ amber_3 /home/nwchem-6.1/data/amber_x/ amber_4 /home/nwchem-6.1/data/amber_u/ spce /home/nwchem-6.1/data/solvents/spce.rst charmm_s /home/nwchem-6.1/data/charmm_s/ charmm_x /home/nwchem-6.1/data/charmm_x/

Script NWChem 6.1 – Mezquite #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -l walltime=4:00:00 #PBS -N nwchem-test #PBS -q rack1 #PBS -k eo #PBS -V export NCPUS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE) cd $PBS_O_WORKDIR source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 module load nwchem-6.1 mpirun -n $NCPUS -f $PBS_NODEFILE nwchem h2o.in > h2o.out

Uso de Software en Ocotillo Gaussian 09 Rev. B.01 NWChem 6.0 Quantum Espresso GPU

Script Gaussian 09 - Ocotillo #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -l walltime=4:00:00 #PBS -N g09-test #PBS -q q128d SCRATCH_DIR=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID} mkdir -p $SCRATCH_DIR export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCH_DIR cd $PBS_O_WORKDIR export GAUSS_LFLAGS="-v v -nodelist \"$(uniq $PBS_NODEFILE | xargs)\"" export g09root=/usr/local source /usr/local/g09/bsd/g09.profile g09 test941.log rm -rf $SCRATCH_DIR

NWChem Ocotillo Asegurarse de tener el archivo.nwchemrc en HOME nwchem_basis_library /usr/local/Nwchem-6.0/data/libraries/ nwchem_nwpw_library /usr/local/Nwchem-6.0/data/libraryps/ ffield amber amber_1 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_s/ amber_2 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_q/ amber_3 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_x/ amber_4 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_u/ spce /usr/local/Nwchem-6.0/data/solvents/spce.rst charmm_s /usr/local/Nwchem-6.0/data/charmm_s/ charmm_x /usr/local/Nwchem-6.0/data/charmm_x/

Script NWChem Ocotillo #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -l walltime=4:00:00 #PBS -N nwchem-test #PBS -q q128d export NCPUS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE) cd $PBS_O_WORKDIR module load parallel_studio-2013 module load nwchem-6.0 module load mpich mpirun -n $NCPUS -f $PBS_NODEFILE nwchem h2o.in > h2o.out

Script Quantum Espresso - Ocotillo #PBS -l nodes=ibnodo2-7:ppn=2 #PBS -l walltime=48:00:00 #PBS -N quantum-test export NCPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}') cd ${PBS_O_WORKDIR} module load quantum/espresso i mpirun -np $NCPUS -hostfile $PBS_NODEFILE $BIN_DIR/pw-gpu.x QE.out

Software - Choya Matplot Geany

COMO EJECUTAR MATPLOTLIB ? Aplicación grafica -> Xming + Putty Es necesario la interfaz pylab -> implementar el servidor de ventanas X, (Xming – exe ) el cual lo puedes descargar de la página del Acarus: y ejecutarlo. Después abrir una terminal con el putty pero antes de ingresar tienes que habilitar la siguiente opción para que te habilite el display: que se encuentra en la pestaña de SSH, la opción X11 y habilitas el recuadro de Enable X11 forwarding. MatPlot

Se ejecuta con la opción ipython –pylab

Es un editor de texto pequeño y ligero con características básicas de entorno de desarrollo integrado (IDE). Utiliza librerías GTK para su funcionamiento. Está disponible para distintos sistemas operativos, como GNU/Linux, Mac OS X, BSD, Solaris y Microsoft Windows. Es distribuido como software libre bajo la Licencia Pública General de GNU. Características: Resaltado de sintaxis.Plegado de código. Autocompletado.Cierre automático de etiquetas XML y HTML. Muestra de consejos. Muchos tipos de archivos soportados tales como C, Java, PHP, Python, Perl, Pascal y más Listas de símbolos.Código de navegación. Fácil gestión de proyectos. Construir un sistema (conjunto de ejecuciones) para compilar y ejecutar el código Soporte para plugins Geany

Menú Construir opción Selecciona inclusiones y Argumentos

Ingresar en compilar : mpicc hola_mundo.c -o hola_mundo Ingresar en ejecución: mpirun -np 4./hola_mundo

Ingresar en compilar : mpicc hola_mundo.c -o hola_mundo Ingresar en ejecución: qsub script_mpi.pbs

qstat cat nombre_trabajo.o80 cat mpi_trabajo.o80