TUTORIAL PDBSUM Proteína 3NVY

El PDB SUM es un sitio web (http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/) que recopila y organiza la información contenida en el PDB (protein data bank), presentando al usuario una descripción ordenada y detallada de las distintas proteínas conocidas.

Paso 1: Introducir el código PDB de 4 caracteres de la proteína (en este caso 3NVY) en la casilla señalada por la flecha.

SUBMENÚ TOP PAGE (PARTE 1) Lo primero que se observa luego de ingresado el código, es el submenú Top page. Se da una descripción detallada y general de la proteína, con datos tales como su nombre, función, origen del cristal y especie a la que pertenece. A la izquierda se observa la estructura en modo cartoon de la proteína con todas sus subunidades. A la derecha hay disponible un Ramachandran plot de la misma.

SUBMENÚ TOP PAGE (PARTE 2) A la izquierda se observa en la parte superior links para 3 visores 3D (Rasmol, Jmol y Strap allignment). Los 2 primeros son sólo visualizadores, mientras que el tercero además permite el alineamiento de las secuencias de cada cadena. Debajo están desglosadas las distintas cadenas según como fueron cortadas por el cristalógrafo (incluyendo la cantidad total de aminoácidos). Más abajo aún aparecen los ligandos de la proteína y sus respectivas cantidades (también se incluyen las moléculas de agua atrapadas en el cristal).

SUBMENÚ TOP PAGE (PARTE 3) En todos los rectángulos centrales siempre se muestra un esquema de la proteína representada en dominios. En cada rectángulo se puede observar que dominios pertenecen a cada cadena. Esto se denota mediante el dibujo bajo el dominio respectivo, de la estructura secundaria de la proteína. A su vez si se mantiene el cursor sobre el dibujo debajo de “Protein chain”, se agrande la imagen de la cadena aminoacídica respectiva.

SUBMENÚ TOP PAGE (PARTE 4) Si se da click sobre los dominios, se abre una ventana que muestra proteínas que contienen dominios similares o el mismo. Al hacer click sobre la estructura secundaria que aparece debajo del dominio, salta una ventana que indica la secuencia aminoacídica de toda la proteína, y en especial la del segmento seleccionado.

1º ejemplo 2º ejemplo

SUBMENÚ TOP PAGE (PARTE 5) En la parte superior derecha de cada rectángulo se observan los siguientes íconos a modo de link. Descripción más detallada de la proteína. Indica otras proteínas que contienen la misma secuencia aminoacídica. Ligand cluster. Grupos y tipos de ligandos que se unen a la proteína. Esquematiza del primero al último aminoácido, la estructura secundaria. Abajo del todo hay una leyenda que incluye los aminoácidos que interaccionan con el ligando, etc. Brinda una descripción detallada sobre los dominios. Esquematiza las similitudes estructurales entre diversos dominios.

SUBMENÚ TOP PAGE (PARTE 6) Al final de la hoja se describen las reacciones enzimáticas catalizadas por la enzima, junto con los cofactores y coenzimas utilizadas.

SUBMENÚ PROTEIN A la izquierda abajo donde dice Protein, se puede seleccionar las distintas cadenas. Manteniendo el cursor sobre el dibujo de la proteína arriba, cambiará a la cadena seleccionada. Arriba de Protein, hay una descripción de los motivos de estructura secundaria de la proteína. A la derecha hay un esquema de los dominios de la cadena. Los dibujos centrales corresponden a un análisis SAS ya descripto.

SUBMENÚ LIGANDS En este submenú se diagraman las interacciones del ligando con el receptor, pudiendo seleccionar y distinguir el ligando de cada cadena (la cadena se denota con su letra correspondiente entre paréntesis al lado del nombre del ligando).

SUBMENÚ PROT-PROT El submenú Prot-Prot muestra la interacción entre las distintas cadenas, según la relevancia de las interacciones en número de residuos y el tipo de interacción. El menú de la izquierda se desglosa en la tabla de la derecha (que en la página aparece más abajo) e indica propiedades de las interacciones tales como número de residuos, área de la interfase y número de enlaces.