Cuenta el apasionante viaje de Ofelia , una niña de 11 años muy aficionada a los libros de fantasía

Carmen, madre de Ofelia, en un delicado y avanzado estado de gestación, se traslada hasta un pequeño pueblo en el que se encuentra el cruel capitán Vidal, de la Guardia Civil Franquista.

Ofelia es guiada por un extraño insecto hacia la entrada del laberinto del Fauno.

Vidal es delegado para acabar con los últimos vestigios de la resistencia republicana, escondida en los montes de la zona. Para ello utiliza el asesinato, la tortura y el racionamiento de alimentos para la población.

Ofelia descubre las ruinas de un laberinto donde se encuentra con un fauno, una extraña criatura, que le hace una revelación: Ofelia no es en realidad quien cree ser sino una princesa, última de su estirpe, a la que su pueblo lleva mucho tiempo esperando

La primera prueba consiste en entrar en una cueva situada en las raíces de un árbol moribundo y encontrar a un sapo que está matando a la planta lentamente. Después de encontrarlo, deberá darle de comer tres piedras y extraer una llave dorada de su vientre. Al hacerlo, arruina el vestido que su madre hizo para que ella luciese en la cena de esa noche, por lo que es castigada.

La segunda misión, muy peligrosa, consiste en extraer una daga de uno de tres cofres. El fauno entrega un estuche que alberga 3 hadas mágicas que la ayudarán en su misión. Le da, además, un pedazo de tiza (para abrirse paso) y un reloj de arena para llevar el tiempo exacto que debe durar su misión. Le indica que no debe comer nada en el lugar de su misión porque allí habita un ser que no es humano.

Ofelia cumple la misión, pero olvida la advertencia y come frutos; lo que despierta al hombre pálido y devore a dos hadas que lo entretenían para salvarla.

El fauno busca a Ofelia, la reprende y le anuncia que ha perdido la oportunidad de volver a su mundo subterráneo.

El fauno da una nueva oportunidad a Ofelia El fauno da una nueva oportunidad a Ofelia. Su tercera misión es llevar a su hermanito al portal del laberinto. Ofelia descubre que es para ser sacrificado y, nuevamente, desobedece al fauno, quien desaparece al llegar Vidal, buscando a su hijo.

Vidal asesina a Ofelia, cuya sangre es derramada en el portal y éste se abre, pues ella eligió morir en lugar de su hermano y ello representa su retorno triunfal a su reino.

Ofelia es recibida por el fauno, en su mundo, mientras arriba muere Ofelia es recibida por el fauno, en su mundo, mientras arriba muere. Sus padres la felicitan y es aplaudida por su regreso.

Se dice que reinó sabia y virtuosamente por muchos años y que sólo aquellos que son capaces de observar pueden apreciar las muestras de su existencia y bondad.