La ciudad fue fundada por los fenicios, procedentes en su mayoría de Libia. Desde 1991 es la sede de la Prisión Provincial de Málaga, situada en las afueras de la localidad, que actualmente es una de las más famosas de España, por alojar a los inculpados del Caso Malaya, entre otros.
El nombre Alhaurín es de origen árabe. Sobre la etimología de este nombre existen dos teorías diferentes. La primera, quizás poética, afirma que significa Jardín de Alá, mientras que la otra corresponde a una tribu de origen bereber que habitó la comarca durante la Edad Media, los Hawara, cuyos miembros eran conocidos como al- hawariyyin.Durante el reino nazarí de Granada fue Laulín o Alaolín según aparece en los repartos tras la conquista de Málaga en En el siglo XVI los documentos conservados la citan como Alhaurinejo, que significa el Alhaurín pequeño, para distinguirla de Alhaurín el Grande, que aparecía simplemente como Alhaurín.En 1647 ya aparece con el nombre oficial de Alhaurín de la Torre.
Edad antigua (3500 a.C. 476 d.C.) Alhaurín de la Torre estuvo poblado desde la Edad Antigua, siendo los bástulos sus pobladores nativos. Éste pueblo recibió a los primeros invasores, los libio- fenicios, que fundaron factorías en Málaga y Cártama por el año a. C. Los moradores primitivos pertenecían a un pueblo minero y hoy persisten muchas referencias de los minerales extraídos, como el plomo, el cobre, el grafito y el hierro
Edad media ( ) En época musulmana bajomedieval existió la alquería de Laolín, con vecindario de casas y varias torres vigía en el entorno y una mezquita. El Barrio Viejo o Albaicín, es el origen andalusí del municipio como se conoce hoy en día. El actual trazado urbano muestra una realidad salida de la época musulmana, con callejones sin salida y callejuelas.El símbolo de Alhaurín de la Torre es la torre, una construcción-vigía para la defensa de la población que se encontraba en donde hoy se sitúa el barrio "la Torre", frente a la oficina de Correos de calle Nogal
En el cortijo de Mollina existen restos de una alquería musulmana y una torre de la misma época, pobremente conservados
Edad moderna ( ) No hay referencia clara de la fecha de la conquista por los Reyes Católicos, aunque la vecina villa de Alhaurín el Grande lo fue en 1485 y Málaga en La gran prosperidad del campo en esa época convirtió a Alhaurín de la Torre en un referente importante de la provincia en cuanto a transacciones comerciales. Se sembraban cereales, árboles frutales y cítricos y existían varios molinos para la transformación del trigo en harina y una extensa red de acequias que aprovechaba las aguas procedentes de decenas de arroyos y manantiales.
● La entrada de las tropas cristianas en la comarca en marzo de 1484, supuso la quema de cultivos y la destrucción parcial de los poblados árabes, al tiempo que sus moradores fueron expulsados. La política de tala o de tierra quemada fue aplicada con especial virulencia en la fortaleza de Laolín, y su proceso posterior de reconstrucción urbana, administrativa y social fue lento y tardío. Ocurrió entre los siglos XVI y XVII, debido a la cercanía con la capital y la pasividad de las autoridades. Los poblamientos de esos años eran escasos e inestables, si bien fueron numerosos los ciudadanos de la capital a los que se distribuían propiedades y huertas para reactivar la agricultura. ● En los Repartimientos de Málaga realizados desde 1489, aparece este lugar como Laolín y Alaolin, en otros Laurino, indicándose que estaba despoblado.
● En 1505 se funda la Iglesia de San Sebastián:, cuya construcción en la plaza de la Concepción sobre las ruinas de la antigua mezquita data de Un terremoto la dañó seriamente en 1680 y sobre ese solar, en 1816, se comenzó a edificar el templo tal como hoy se conoce, obras que se prolongaron hasta ● Entretanto se concluía la construcción, la ermita del Santísimo Cristo del Humilladero, ubicada en la esquina de calle Ermita, con la Plaza San Sebastián (hasta hace poco, bar La Baranda), se usó como iglesia provisional.
La población aumentó considerablemente en 1571 por la llegada de colonos cristianos. De ésta época quedan abundantes restos arqueológicos, la mayoría de ellos situados en el área de la Estación de la Alquería, designada oficialmente Zona de Interés Cultural. Tras la conquista cristiana se configura el centro urbano al estilo castellano, teniendo como ejes el Arroyo Blanquillo (actual Avda. de España), la calle Ermita, la calle Las Chozas (actual calle Real), la calle Caleta y la calle Mesones (actual Juan Carlos I) y la calle El Chorrillo (actual Doctor Fléming).