Introducción a R José Bustos 1 & Alex Mellado 2 1 Magister Estadística Aplicada, Análisis Estadístico Profesional AESpro. 2 Magister (c) Epidemiología,

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1 Introducción a R José Bustos 1 & Alex Mellado 2 1 Magister Estadística Aplicada, Análisis Estadístico Profesional AESpro. 2 Magister (c) Epidemiología, Departamento de Salud Pública, PUC.

2 AESpro 2 R statistical es un lenguaje de programación gratuito. Esta basado en el lenguaje S desarrollado por Bell. El lenguaje es adecuado para programar. Muchas funciones estadísticas ya han sido incluidas. Los paquetes que se agregan día a día expanden su funcionalidad hacia áreas de ciencia de frontera. ¿Qué es R?

3 AESpro 3 Comenzando en R Donde obtener R? www.r-project.orgwww.r-project.org Baje: CRAN Busque su zona (Mirror: Chile, Brasil). Seleccione sistema operativo. Seleccione ej. R-2.4.1-win32.exeR-2.4.1-win32.exe

4 AESpro 4 Comenzando en R R GUI?

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6 6 Comenzando en R Abra un script. Ejemplo de una ventana

7 AESpro 7 Comenzando en R Operaciones básicas. Operaciones Aritméticas:  +, -, *, /, ^ operadores estándar. Matriz Aritmética.  * es un elemento que permite multiplicar.  %*% es una matriz de multiplicación Asignación de un valor  Para asignar un valor a una variable utilice “<-”

8 AESpro 8 Comenzando en R Como llamar a la ayuda en R?  R tiene un buen sistema de ayuda.  Si no se sabe que función usar, utilice help.search(“_______”)  Ej: help.search(“histogram”).

9 AESpro 9 Pidiendo ayuda Detalles acerca de comando especificos cuyo nombre conocemos (input arguments, options, algorithm, results): >? t.test or >help(t.test)

10 AESpro 10 Importando datos Como introduzco datos en R?. Primero, asegurese que sus datos estan en formato fácil de leer, tal como CSV (Comma Separated Values). Use el siguiente código:  D <- read.table(“path”,sep=“,”,header=TRUE)

11 Trabajando con los Datos.

12 AESpro 12 R code Data Manipulation with R (Use R) Phil Spector

13 AESpro 13 Libro guía para consultas

14 AESpro 14 R Packages Hay muchos paquetes que se han agregado a R. Estas librerias son creadas y mantenidas por el autor.

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19 AESpro 19 R Package - simpleboot mu = 25; sigma = 5; n = 30 x = rnorm(n, mu, sigma) library(simpleboot) reps = 10000 X11() median.boot = one.boot(x, median, R = reps) #print(median.boot) boot.ci(median.boot) hist(median.boot,main="median")

20 AESpro 20 R Package – ggplot2 Ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis (Use R) Hadley Wickham

21 AESpro 21 R Package – ggplot2 library(ggplot2) oldFaithfulPlot = ggplot(faithful, aes(eruptions,waiting)) oldFaithfulPlot + layer(geom="point") oldFaithfulPlot + layer(geom="point") + layer(geom="smooth")

22 AESpro 22 R Package - BioC BioConductor es un proyecto en R (aplicación) para el análisis y la comprensión de los datos genómicos. http://www.bioconductor.org Download > Software > Installation Instructions source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite()

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25 AESpro 25 http://ape.mpl.ird.fr/

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27 AESpro 27 REvolution Computing REvolution R es una distribución mejorada de R. Optimizada, validada and con soporte. http://www.revolution-computing.com/

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29 AESpro 29 El objetivo principal de este curso en R, es proporcionar herramientas básicas de análisis en lenguaje R para crear, analizar y graficar datos. Objetivo

30 AESpro 30 Cronograma de actividades ¿Qué es R? Instalación básica Instalación de librerias Buscando ayuda en consola R, motor de busqueda, r-list y stackoverflow Estructura del lenguaje La gran calculadora Generación de Objetos Escalares Vectores Matrices Generación de variables aleatorias Análisis exploratorio (promedio, varianza, n, etc) Gráficos en R

31 AESpro 31 Cronograma de actividades Análisis gráfico, histogramas, boxplot, scatterplots y gráficos avanzados con gglot2. R graphics web (Fuente de gráficos) Importación de datos CVS, TXT (puntos, comas, etc), lectura web, R-web. Creacion data.frame, manejo de objetos, attach. Selección de datos, recodificación, agregar columnas, filas, funcion merge. Manejo de datos faltantes Identificación puntos atípicos Exportar CSV, archivo EXCEL, Workspace, etc. Análisis univariado/bivariado, normalidad (Shapiro Wilk, KS, bondad), qqplot, ppplot, etc Transformaciones variables Regresión Lineal.

32 AESpro 32 Crawley Michael (2007) The R Book.John Wiley & Sons Ltd. Imperial College, Silwood Park, Ascot, Berks.The R Book Phil Spector (2008) Data Manipulation with R. Springer Editions. ISBN 978-0-387-74730-9. Yosef Cohen & Jeremiah Y. Cohen (2008) Statistics and Data with R: An applied approach through examples. Online ISBN: 9780470721896. Literatura citada

33 Ayuda en la web http://stackoverflow.com/ http://www.r-bloggers.com/ http://www.statmethods.net/ http://addictedtor.free.fr/graphiques/ https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help