La Coalescencia.

Presentación del tema: "La Coalescencia."— Transcripción de la presentación:

1 La Coalescencia

2 Mozilla Firefox

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5 Especiación incipiente en el género Orestias en el Altiplano sur
Jimena Guerrero Fabiola Peña 5

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7 O. chungarensis O.piacotensis O. parinacotensis O.laucaensis

8 10 etapas: 1. Obtener las secuencias 2. Alinear las secuencias
3. Sitios Polimorficos

9 4. Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π)
5. Realizar el test D de Tajima (y otros) 6. Construir la red de haplotipos (network)

10 7. Inferencia demográfica a partir de la mismatch (crecimiento instantáneo)
8. Inferencia demográfica en base al modelo de crecimiento exponencial 9. Detectar variaciones de la taza de coalescencia visualizando una genealogía 10. Conclusiones Lamarc BEAST

11 Abrir Orestias.nex

12 Etapa 4. Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π)
1. Número de sitios polimórficos  S 2. Número de haplotipos  K 3. Diversidad  H = 1 - pi2 (pi2 : frecuencia del haplotipo i) 4. Número promedio de diferencias entre 2 secuencias 

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14 Etapa 5. Realizar el test D de Tajima (y otros)

15 Estadística de Tajima (D)
 = 2Ne 2 estimadores de  : E() =  sensible a las frecuencias sólo al número de mutaciones D  0  equilibrio mutación-deriva D > 0  faltan haplotipos raros (cuello de botella) D < 0  exceso de haplotipos raros (crecimiento)

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17 Etapa 6. Construir la red de haplotipos (network)
Generar orestias.rdf

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21 orestias.rdf

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25 Etapa 7. Construir la distribución del número de diferencias entre pares de secuencias
Rogers and Harpending (pdf)

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30 8. Inferencia demográfica en base al modelo de crecimiento exponencial

31 Paso 1: Copiar “Orestias.xml” en el mismo directorio que Lamarc
orestia.xml

32 Paso 3: cambiar parametros

33 G

34 X

35 Listo!!!!

36 A G X iniciar programa

37 Paso 5: abrir archivo Nt orestias
Paso 5: abrir archivo Nt orestias.xls e incorporar los valores de g y  Paso 6: incorporar el valor de u (esta vez por sitio y por año) U =

38 Etapa 9. Detectar variaciones de la taza de coalescencia visualizando una genealogía

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40 t = x 1/u

41 Bayesian Ecological Analysis of Statistical Trends
BEAST Bayesian Ecological Analysis of Statistical Trends

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43 Conectividad en Galaxias maculatus
Estudio de caso N°4: Conectividad en Galaxias maculatus Maculatus.nex (2 grupos: lago y Fiordo) Pilar Salinas

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45 Fiordo Lago Bajo Pascua

46 fiordo lago K S H Pi Tajima Fu Network (todos juntos)
Mismatch y estimacion tiempo expansion cuando relevante Fluctuate (lago.phy – fiordo.phy)