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Curs de Doctorat: Bioinformàtica
Index (aproximat i susceptible de molts canvis) Introducció biològica Comparació de seqüències (relativament curtes:< bp) Comparació de seqüències (llargues: bp fins milions) Engalçament de seqüències (Assembly) Cerca i predicció de senyals ...
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Genoma Nucli Teixit Cél.lula
El cromosomes contenen les instruccions necessàries per viure i reproduir-se. Els cromosomes són els volums d’una enciclopèdia anomanada Genoma. Les lletres, les paraules i les frases com són?
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Cromosomes: les lletres
Base Dues cadenes de DNA: alfabet quatre bases { A, C, G, T} complementàries (A T, G C) Llavors un cromosoma serà: ... A T A G G C T A C G C A A A C C G G T C T A ...
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Cromosomes: les lletres
... G A C T ... ... C T G A .. Llavors G A C T = A G T C Si busquem GACT dins la seqüència CACGACTATACGATATCGACTCATACGAGTCGTACGTA Les paraules i les frases com són?
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Cromosomes: les frases i les paraules
DNA: Promotor Gen DNA: DNA: (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada)
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Cromosomes: activació d’una instrucció
DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) Transcripció RNA: Maduració RNA: Traducció
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Cromosomes: activació d’una instrucció
Traducció Transcripció Maduració DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) RNA: Plegament : quines fases té?
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Plegament de la proteïna
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Cromosomes: activació d’una instrucció
DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) Com passa dins de la cel.lula? Transcripció RNA: Maduració RNA: Traducció Síntesi
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Dogma central de la biologia molecular
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Síntesi de les proteïnes
Dins la cel.lula: mol/cel tipus mRNA tRNA >3000 Proteïnes
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Activació d’una instrucció (a l’inversa)
DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) Transcripció RNA: Maduració RNA: Traducció Plegament
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LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA
Traducció LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA Traducció Transcripció Maduració RNA: Gen: ACUCCAUUCUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAG Alfabet RNA {A,C,G,U} Alfabet proteïnes {A,I,H,…} Llavors la informació està codificada com LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA que és la traducció de ACUCCAUUCUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAUAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUACUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAA
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Maduració La informació està distribuïda en trossos Traducció
LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA Traducció RNA: UCUCCAUUCUUUAACAGGAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Maduració ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU RNA: Transcripció Gen: La informació UCUCCAUUCUUUAACAGGAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU està distribuïda en trossos ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU
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LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA
Maduració Traducció Transcripció Maduració RNA: Gen: UCUCCAUUCUUUAACAGGAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA
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Transcripció Gana mati estiu Torrades amb mantegai melmelada Traducció
Maduració RNA: Gen: ACUCCAUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU …………….ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT…………………... Torrades amb mantega i melmelada DNA: ………………...cagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT……………….. Gana mati estiu Torrades amb mantegai melmelada ………………...cagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT………………..
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Cromosoma ? Els gens ocupen el 8% del genoma DNA: Traducció Maduració
Torrades amb mantega i melmelada Traducció Transcripció Maduració RNA: Gen: ACUCCAUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Torrades amb mantega i melmelada …………….ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT…………………... DNA: ………………...cagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT……………….. DNA: ? Els gens ocupen el 8% del genoma
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Part d’un cromosoma TACGTATACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGATCGTCGATCGTcagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAATACGTATACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGCTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGATGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTGTCACGTAGCATGCTGACGTACGATCGATTCGATCGATCGTACGATCGTAGCTAGCTAGTCGTAGCGACGTAGGATTCACGTAGCGATGCGTAGCGTAGCATGCTGACGATGCATCGATCGATGCATCATGCTAGCGTAGCTAGCTAGCATGACTGATCGATTAACGGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGCTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGATCGTATGCTAGCTAGCATGCATGCATGCATGCAT
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On es troba? TACGTATACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGATCGTCGATCGTCAGCTCGATACGTTACGATCTACGATTACGATCATCTATACTATACTATACGATATATCTAGATATCGATCTA.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAATACGTATACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGAC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(27 enciclopèdies catalanes)
Genoma i recerca Què pretén la bioinformàtica? 1. Poder agafar un cromosoma, Cromosoma 1: 246Mb ……. Cromosoma 22: 47Mb Cromosoma X: 149Mb Cromosoma Y: 58Mb 3000 milions de bases (27 enciclopèdies catalanes)
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Predicció de promotors i gens
TACGTATACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGATCGTCGATCGTCAGCTCGATACGTTACGATCTACGATTACGATCATCTATACTATACTATACGATATATCTAGATATCGATCTA.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAATACGTATACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGCTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGATGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTGTCACGTAGCATGCTGACGTACGATCGATTCGATCGATCGTACGATCGTAGCTAGCTAGTCGTAGCGACGTAGGATTCACGTAGCGATGCGTAGCGTAGCATGCTGACGATGCATCGATCGATGCATCATGCTAGCGTAGCTAGCTAGCATGACTGATCGATTAACGGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGCTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGATCGTATGCTAGCTAGCATGCATGCATGCATGCAT 2. Predir els promotors i els gens (les frases),
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6. Predir estructura, funció, dominis,...
Bioinformàtica 6. Predir estructura, funció, dominis,... 5. Predir el plegament ACUCCAUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU 4. Predir el gen ………………...cagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT……………….. 3. Predir les “paraules” ………………...cagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT………………..
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Enllaços: Genbank: www.ncbi.nlm.nih.gov/ Tutorial,.. Blast,
Visualitzadors,.. Alemania: Anglaterra:
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ALGGEN web site
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Align tools
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List of works
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Preview of two genomes Pyrococcus abyssis: 1.790.334
Pyrococcus horikoshu: bps
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ALGGEN grup: Director: Doctorat a l’IMIM (codirigit)
Doctorat a l’ICO (codirigit) Doctorat a LSI 3 PFC enginyeria: PROMO,MREPATT,proteines 5 PFC tècnica Docència
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