Y VALIDACIÓN CON UNA POBLACIÓN DE PACIENTES EXTERNA.

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1 Y VALIDACIÓN CON UNA POBLACIÓN DE PACIENTES EXTERNA.
IDENTIFICACIÓN DE SUBTIPOS MOLECULARES EN CÁNCER DE COLON. CORRELACIÓN CON PARÁMETROS CLÍNICO-BIOLÓGICOS Y VALIDACIÓN CON UNA POBLACIÓN DE PACIENTES EXTERNA. B.Pérez-Villamil; A.Romera-López; S.Hernández(*); G.López-Campos(**); A.Calles; J.Sastre; J.López-Asenjo(*); T.Caldés; F.Martín-Sánchez(**) & E.Díaz-Rubio Laboratorio de Oncología Molecular, Servicio de Oncología Médica, (*)Servicio de Anatomía Patológica, Hospital Clínico San Carlos, Madrid. (**) Área de Bioinformática y Salud Pública, Instituto de Salud Carlos III, Majadahonda, Madrid.

2 Estudiar diferencias en la supervivencia entre las clases encontradas
Tumores similares desde el punto de vista histopatológico. Comportamiento clínico diverso Dificultad anticipar eficacia terapéutica OBJETIVOS: Identificar grupos homogéneos en cáncer de colon basados en patrones de expresión global Analizar si los estadios de Dukes u otras características biológicas se asocian a la clasificación molecular Estudiar diferencias en la supervivencia entre las clases encontradas

3 Microarrays para el análisis del cáncer
Microarrays de CGH CNV. Deleciones Duplicaciones Microarrays de SNPs y Genotipado Predisposición Zonas del genoma implicadas en enfermedades Constitución genómica que predispone a una patología Medidas Preventivas Microarrays de ChIP on chip Inmunoprecipitación de cromatina de Metilación Microarrays de miRNAs miRNAs DNA mRNA Proteínas Microarrays de Expresión Génica TMA Tissue Microarray Inmunohistoquímica Grupos de pacientes que respondan a terapias individualizadas Pronóstico de su evolución o de su respuesta al tratamiento Profundizar en el conocimiento de las reglas que originan las enfermedades Clasificación de Pacientes Identificación de Marcadores Vías y Funciones Alteradas

4 88 adenocarcinomas de colon
Microarrays Agilent Whole Genome 44K hibridados 88 adenocarcinomas de colon (Cy5-tumor/Cy3-pool) 24 Dukes A 26 Dukes B 19 Dukes C 19 Dukes D 7 tejidos de colon normal (Cy5-colon normal/Cy3-pool) genes significativamente estimulados o inhibidos (p<0,01) con respecto al pool de referencia en al menos 7 muestras genes varían al menos 2.5 veces con respecto a la mediana de ese gen en al menos 7 de las muestras Filtrado de Genes

5 Centered Pearson correlation and average-linkage-hierarchical clustering
Dukes MSI Low-stroma-subtype Immunoglobulin- -related-subtype High-stroma-subtype Mucinous-subtype Genes expressed in tumour-associated-stroma: cluster clusters-3 & -4 FAP, vimentin, GREM1, SPARC, decorin, lumican, collagens, fibronectin, thrombospondin, OPN ADAM8, MMP9  regulate extracellular matrix remodeling and cell migration Genes related to mucinous phenotype: cluster-4 Muc1 & 5, TFF1 & 2, Cox2, RegIV, CD55

6 Correlación con parámetros biológicos y patológicos

7 Identificación de la clasificación en una matriz externa
Se combinó la matriz de Eschrich de 78 pacientes (23B, 22C, 30D, 3 adenomas) con la nuestra 159 tumores y 5319 genes en común. Se generó un predictor de 1039 genes mediante el método “Nearest Centroid” para clasificar las muestras de Eschrich en los cuatro subtipos. “Hierarchical Clustering” con los 159 tumores y 461 genes comunes entre las dos matrices de los 1722 genes seleccionados originalmente. ¿Esta clasificación molecular tiene valor pronóstico ? ¿Los grupos identificados tienen distinta supervivencia?

8 Cluster 1 Clusters 2, 3 y 4 Eschrich et al. JCO 2005
Garman et al. PNAS 2008 Wang et al. JCO 2004 Lin et al. Clin Can. Res 2007

9 Supervivencia Pacientes Eschrich By C (45). NC.
Low-stroma-subtype Immunoglobulin-related-subtype High-stroma-subtype Mucinous--subtype

10 de esta clasificación molecular en cáncer colorrectal
Conclusiones Análisis de la expresión génica con microarrays identifica 4 subtipos de tumores de colon con distintas características clínico-biológicas y que se establecen desde estadios iniciales de la enfermedad Componentes estromales, histología mucinosa, inestabilidad de microsatélites y % de β-catenina nuclear se asocian a esta clasificación pero es independiente de los estadios de Dukes El subtipo alto en estroma tiene elevados los genes específicos de matriz extracelular al contrario que el subtipo bajo en estroma. El subtipo mucinoso tiene elevados los niveles de mucinas y TFF Los subtipos tumorales se han identificado en un conjunto de pacientes externo y se han determinado diferencias en la supervivencia Los pacientes del subtipo bajo en estroma tienen un tiempo de supervivencia más largo que los pacientes de los subtipos alto en estroma y mucinoso Se precisan estudios más amplios y en poblaciones homogéneas para validar el valor pronóstico de esta clasificación molecular en cáncer colorrectal