Cómo configurar el sistema WOD

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1 Cómo configurar el sistema WOD

2 WOD usa en entorno de lína de comandos Linux
Pocos gráficos, mayoritariamente interacción ASCII La interacción por parte del usuario realiza un uso de recursos muy bajo EL software se puede migrar fácilmente a otros entornos

3 WOD necesita que los siguientes paquetes estén instalados en el sistema
Todos ellos son gratuitos. Librerías netCDF4 FORTRAN Librerías del paquete Generic Mapping Tool (GMT) Compilador GNU gfortran

4 Para acceder a las herramientas WOD de Linux necesitamos configurar la variable de entorno “PATH”
PATH es una variable de entorno en Linux y otros  sistemas operativos Unix que le indica al intérprete de la línea de comandos (shell) cuales son los directorios en los que buscar los ficheros ejecutables ( los programas)   /OCL.tools = Localización de las rutinas que ejecutan varios programas

5 El sistema WOD se ejecuta bajo la shell de Bash
Cuando accedemos a un sistema linux, por defecto nos situamos en nuestro directorio HOME Para instalar el PATH correcto, sigue la siguiente secuencia de comandos: cp /OCL/.OCL_systems/.bash_profile . cp /OCL/.OCL_systems/.generic_user_SAMPLE.bashrc .bashrc source .bashrc En pocas palabras, una shell es un programa que obtiene los comandos del usuario y los envía al sistema operativo para su ejecución. ¿Qué es una shell?

6 Estructura de la Base de Datos en la computadora
MAINDIR=ruta completa al directorio de la base de datos En nuestro sistema MAINDIR=/OCL [OCL=Ocean Climate Laboratory] Estructura de la Base de Datos en la computadora /OCL/executables – todos los programas ejecutables /OCL/programs – programas FORTRAN de la base de datos /OCL/FORTRAN – subrutinas FORTRAN [cálculos] /OCL/C – subrutinas C [entrada/salida/búsquedas] /OCL/HEADER_OCLdb – variables globales para entrada/salida de la base de datos /OCL/tools – shells de linux para ejecutar programas/secuencias de programas /OCL/system – ficheros de instrucciones de usuarios para la base de datos /OCL/sys.inf – ficheros de información vitales para el sistema (ej. quién está ejecutando en la base de datos, identificativo único de almacenamiento) /OCL/masks – valores tierra-agua para campos en malla /OCL/ranges – rangos del control de calidad /OCL/information – listas de códigos, seguimiento de cambios en la base de datos /OCL/data – ficheros de datos para cada sensor

7 OCL XBT MBT OSD CTD PFL MRB DRB UOR APB SUR NEW1 NEW2 NEW3 DATA
VERDE BASE DE DATOS PRINCIPAL NEW1 NEW2 NEW3 NARANJA CONJUNTO DE DATOS EN PREPARACIÓN

8 CTD header header2 depth Temperature Salinity Oxygen ……… Temperature
AMARILLO SUBDIRECTORIO header header2 depth AZUL FICHEROS observed Temperature Salinity Oxygen ……… CTD standard Temperature Salinity Oxygen ……… masks Temperature Salinity Oxygen

9 Para cambiar MAINDIR En el fichero HEADER_OCLdb/HEADER.H
Modifica esta línea: char MAINBRANCH[] = “/OCL\0” Actualízala con el directorio principal deseado Cpinf es una pequeña rutina en /OCL/tools para copiar un fichero desde /OCL/system

10 Accedemos a /OCL/work/tu_directorio cpinf probefile.d
Comencemos a trabajar Accedemos a /OCL/work/tu_directorio cpinf probefile.d cpinf maskchoice.d cpinf subset.sheet Cpinf es una pequeña rutina en /OCL/tools para copiar un fichero desde /OCL/system al directorio en el que nos encontremos

11 INFORMACIÓN DE SENSOR Y PARÁMETROS
11 Probe Types 43 Measured Parameter Types 9 Calculated Parameter Types PLACE AN 'x' IN THE FIRST COLUMN IN FRONT OF DESIRED PARAMETERS AND PROBES. (EXCEPT FOR PTEMP AND PDENSE: PLEASE CONSULT MANUAL) ALSO PLACE AN 'x' IN FRONT OF EITHER OBSERVED OR STANDARD LEVELS (BUT NOT BOTH) Measured Parameter Information Parameter # Code 1 Let Code 4 Let Code Temperature t Temp Salinity s Sal Oxygen o O2 Phosphate p PO4 TotalPhos q TotP Silicate i Sil Nitrite m NO2 Nitrate n NO3 pH h PH Ammonia a NH3 Chlorophyll c Chl Phaeophytin e Pha PrimaryProd l PP Biochem x BP SECCIÓN DE VARIABLES EN PROBEFILE.D . PONER UNA X DELANTE DE LAS VARIABLES QUE QUEREMOS EXAMINAR vi probefile.d Usar las flechas de desplazamiento para moverse al lugar del fichero deseado Shift-r x para reemplazar el primer espacio por una x X

12 Grabar los cambios y cerrar el fichero: Shift-ZZ
PROBEFILE.D SECCIÓN DE SENSORES PONER UNA X DELANTE DEL NOMBRE DE LOS SENSORES QUE QUEREMOS EXAMINAR vi probefile.d Usar las flechas de desplazamiento para moverse al lugar del fichero deseado Shift-r x para reemplazar el primer espacio por una x OR Shift-r –espacio- para sustituir la x con un espacio [para aquellos sensores que no queremos examinar] Probe Information xObserved Levels Standard Levels Type # Code #Parms Parameters xOSD ||1-26,33-43 xMBT ||1 xXBT ||1 xCTD ||1-3,11,24-26 xSUR ||1-32 xAPB ||1,2,25,30-32 xMRB ||1,2 xPFL ||1-3,25 xUOR ||1-3,11,24-26,30-32 xDRB ||1-3,11,24-26 xGLD ||1-3,11,24-26,30-32 Grabar los cambios y cerrar el fichero: Shift-ZZ

13 2Year -> 2Month ->3 4 2Day ->6 20 4. If you want data pertaining only to certain accession numbers, countries,cruises,platforms, primary investigators, institutions, projects, mark each needed category with an 'X'. After the arrow put the number of different choices in the category you would like. On the lines after the arrow, enter the number codes of your choices (see Appendix in instructions for codes). Make sure the number of lines under the arrow is exactly equal to the number entered after the arrow. Character data is acceptable only for country and the first two bytes in each cruise code. Accession Numbers ->1 xCountries EC Cruises Platforms Institutions Projects subset.sheet configurado para seleccionar datos de Ecuador entre el 3 de Marzo de 1994 and el 20 de April de 1995

14 Ejecutar un programa en WOD: oclol [NOMBRE_PROGRAMA]
oclol inventory : devuelve el número de muestreos en un subconjunto oclol proflook(u) : busca un muestreo dado si número de secuencia (número de muestreo único) oclol overlook : busca todos los muestreos en un subconjunto oclol datelook : busca todos los muestreos para unadeterminada fecha oclol geolook : busca todos los muestreos en una ona geográfica rectangular oclol gmtmap : mapea la distribución geográfica de todos los muestreos en un subconjunto Negro: salida en consola Azul: salida en output.txt Verde: salida a POST