Detección de elementos funcionales en el genoma

Presentación del tema: "Detección de elementos funcionales en el genoma"— Transcripción de la presentación:

1 Detección de elementos funcionales en el genoma

2 Predicción de genes Detección ab initio 2 fases
Detección de las características de los genes Optimización de las combinaciones de estas características. PREDICCIÓN FINAL DEL GEN

3 Programas: Genefinder, Geneparser, Genie, Grail

4 GENSCAN

5 Genewise, Procrustes, GenomeScan

6 elemento funcional Genómica comparativa
Secuenciación seguida de análisis genómicos comparativos elemento funcional

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8 elemento funcional firma evolutiva Genómica comparativa
Secuenciación seguida de análisis genómicos comparativos elemento funcional firma evolutiva 8

9 firmas evolutivas genes que codifican proteínas genes RNA

10 genes microRNAs Progamas: Twinscan, SGP2, SLAM, Doublescan
Exoniphy, N-SCAN

11 Identificación de características de los genes
Señales de splicing de intrones Spliceview, Splicepredictor

12 Elementos reguladores
Extremos 3’ señal poliA y secuencia rica en GU Promotores caja TATA, Inr, islas CpG DragonGSF, Eponine, CpGProD, McPromoter, PromH, N-SCAN Genes RNA tRNA Scan-SE, RNA-Decoder microRNAs Loop, estabilidad, cálculo de ΔG Elementos reguladores

13 Para recordar Los métodos de predicción de genes que incorporan información de secuencias ortólogas o de proteínas conocidas son mejores que aquellos que utilizan sólo la secuencia de DNA. Para el reconocimiento de sitios de splicing de intrones, son mejores los métodos de predicción que consideran la estructura 3-D del RNA. Los promotores representan un elemento débil para la predicción computacional, los componentes más fuertes son las islas CpG y la caja TATA. Las técnicas computacionales existentes predicen micro RNAs y sus blancos. Existen numerosas aproximaciones para detectar elementos regulatorios y predecir las regiones expuestas de DNA donde pueden unirse los factores de transcripción.

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