Haplotipos y GWAS.

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1 Haplotipos y GWAS

2 Razones para estudiar haplotipos
Son biológicamente relevantes Varias mutaciones en cis interactúan para determinar la actividad, estabilidad, estructura tridimensional, etc, de la proteína La variación en las poblaciones está estructurada dentro de los haplotipos. En algún momento en el tiempo la mutación fue introducida a la población en un haplotipo

3 Razones para estudiar haplotipos
Análisis que usan haplotipos tienen más poder que los que se basan en marcadores individuales La informatividad de haplotipos de fase conocida puede ser más alta que la de marcadores individuales. SNPs son poco informativos, al combinar varios SNPs en un haplotipo aumenta la informatividad

4 Cómo inferir haplotipos
En datos familiares, dependiendo del caso, puede ser posible asignar la fase basado en la segregación En individuos no emparentados esto no es posible. Se requieren algoritmos

5 Para obtener información de haplotipos
Dos estrategias Enfocada en individuo y asigna pares de haplotipos o probabilidad de haplotipo a los individuos (como PHASE) Enfocada en la población. Estima frecuencias haplotípicas de la población (como Haploview)

6 Para análisis posteriores
Opción más sencilla: Usar la combinación más probable para cada individuo y tomarla como si hubiera sido observada Pero, si existen otras combinaciones posibles esto genera un sesgo Opción más correcta: Usar las probabilidades de haplotipo a nivel de individuo para los análisis Usar las frecuencias poblacionales estimadas

7 GWAS

8 Microarreglos

9 Microarreglos 6.0 Affymetrix
- 906,600 single nucleotide polymorphisms (SNPs) - Más de 946,000 sondas para detectar CNV

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20 Desventajas GWAS

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22 Figure 1 Frequency distribution of effect sizes expressed as Odds ratio for the risk allele of 92 validated associated SNPs identified from GWAS. These SNPs represent associations with one of 16 disorders (listed in <ce:cross-ref refid="app1"> Ap... Naomi R Wray , Michael E Goddard , Peter M Visscher Prediction of individual genetic risk of complex disease Current Opinion in Genetics & Development Volume 18, Issue

23 Ejemplo autismo

24 GWAS Esquizofrenia

25 Términos