Página Web

Presentación del tema: "Página Web"— Transcripción de la presentación:

1 Página Web http://www.ncbi.nlm,nih.gov/COG http://www.ncbi.nlm,nih.gov/COG

2 COG: Cluster of Orthologous Groups of proteins Ir a la página de Pubmed  Genome  COGs o a la dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/ Versión inicial: (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/

3 Página Web http://www.ncbi.nlm,nih.gov/COG http://www.ncbi.nlm,nih.gov/COG Tipos de información Lista de todos los COGs organizados por categorías funcionalesLista de todos los COGs organizados por categorías funcionales Páginas individuales de COGPáginas individuales de COG Página de COGnitorPágina de COGnitor Herramienta de búsqueda del patrón filogenéticoHerramienta de búsqueda del patrón filogenético Matriz de ocurrencia de genomas en COGsMatriz de ocurrencia de genomas en COGs

4

5

6 Lista de todos los COGs organizados por categorías funcionales La lista de COGs muestra todos los COGs que están actualmente en la base de datos número de proteínas en cada COG Patrón filogenético Identificador de proteína Código de función Número único de identificación Nombre descriptivo de cada COG

7 Categorías funcionales: número de COGs DominiosDescripción Vías y sistemas funcionales

8

9 1 Archeaoglobus fulgidus a 2 Methanococcus jannaschii m ……… 20 Chlamydia pneumoniae n 21 Rickettsia prowazekii x Cada letra representa a un organismo en particular, y tiene una posición asignada en el patrón

10 2222 --m-k---vd-lb-efgh---j---- RsmC [J] COG2813 16S RNA G1207 methylase RsmC --m-k---vd-lb-efgh---j----JCOG2813 22--m-k---vd-lb-efgh---j----JCOG2813 1) Número de proteínas en el COG 2) Patrón filogenético 3) Proteína Identificadora 4) Código de función 5) Número de identificación único del COG 6) Nombre descriptivo del COG

11 Páginas individuales de COG Alineamiento múltiple de los miembros del COG producidos automáticamente usando el programa ClustalW Secuencias de residuos conservados Relaciones evolutivas Dendograma del cluster generado usando los valores de BLAST como mediad de similitud entre las proteínas Representación gráfica de los outputs de BLAST para cada miembro del COG (con links a GenBank y Entrez-Genomes)

12 Numero de prot en el COG Código de función Patrón filogenético Número unico del COG Nombre descriptivo del COG Vía o sistema funcional

13

14

15 Herramienta de búsqueda: Patrón filogenético Indica la presencia o ausencia de proteínas de un organismo dado en un COG específico Letras minúsculas o guiones (-) que representan de manera resumida presencia/ausencia en el COG Usado de manera sistemática: permite identificar si un vía metabólica particular existe en un organismo (por las proteínas que presenta)

16

17

18

19

20 Página de COGnitor Input: secuencia de proteína Programa que asigna nuevas proteínas a los COGs La compara con toda la base de datos de los COGs para identificar el COG al que la proteína pertenece Inclusión en el COG es sugerida cuando hay BeTs con proteínas de al menos tres clados

21 Colocar secuencia de aminoácidos de alguna proteína conocida o utilizar el ejemplo

22 -Información sobre el COG al que se predice que pertenece la proteína -Un gráfico BLAST mostrando regiones similares entre las prot. y los alineamientos correspondientes -Información del COG: -Letra asociada a función -Nombre del COG -Número único del COG (con hyperlink) Página de COGnitor OUTPUT

23

24

25

26

27 COGs en el Genoma de una especie específica: Seleccionar un organismo y observar los diferentes COGs presentes